中国中医科学院研究生院的历史可以追溯到1973年。当时经全国著名中医学家岳美中教授的积极申请创建了全国中医研究班。1978年举办了全国首届中医研究生班。1984年正式成立研究生部。2005年，经国家中医药管理局批准成为中医药行业第一所研究生院。
作为培养高层次中医药人才的重要基地，中国中医科学院研究生院现有中医学、中药学、中西医结合三个一级学科所涵盖的所有学科专业的博士、硕士授予权，具有临床医学专业学位授予权和在职人员申请学位的资质；设有中西医结合、中医学、中药学三个一级学科的博士后工作站。
截止到2008年，中国中医科学院研究生院共培养了28届毕业生，为全国和世界各地输送了众多的优秀人才。其中大多数已经成为国内外中医药机构的学科带头人和学术骨干。