本作品由日法合作，由资深动画监督的りんたろう(林太郎)亲自执导，寺田克也设计人物造型，是动画公司MADHOUSE创社以来的第一部全3DCG剧场版作品。
故事描述一位成天穿著企鹅装的6岁女孩ココ，在某天被一只胆小软弱、名叫チャリー的哥布林误认是传说中的勇者“不会飞的鸟”，所以拜托她来拯救被黑暗帝王统治奴役已久的哥布林村落。在此途中，他们俩也邂逅了来自天使界的四级见习小天使ザミー，于是这三人便一同踏上冒险之旅，并且从中透过彼此的友爱互信而互相激励成长。
《深夜企鹅》的主题曲CD已确定于9月26日起出售，影片将于12月公映。
曲名 アミーゴペンギン
歌 ココ（森迫永依）とアミーゴペンギンズ
作词・作曲 堂岛孝平
编曲 东京レクリエーション部（堂岛孝平×神森彻也）
発売元 VAP