湟源县清真寺修建于清朝乾隆至嘉庆年间（1788—1797年），在城内东北隅建清真寺，占地两亩左右，建有礼拜堂五间，水房一处，平房三间，同治三年间被焚毁。民国初年，湟源回民慢慢增多，又筹资在县城东关北庄（现回民小学地址）兴建清真寺。民国十八年（1929年）再遭拆毁。民国二十二年（1933年）以马麒、马辅臣等赞助，于城东万安街路南购地三亩三分，重新建寺，修建大礼拜堂一座，南北厢房、水房、伙房、石砌台阶，并建唤醒楼一座，寺门三间，一色青砖，墙根虎皮花纹，四周围墙，气势雄伟，木雕砖刻，庄严肃穆。
1958年宗教改革后，清真寺被关闭，阿訇、满拉及勤杂人员被遣散，寺院被社队集体占用。1983年由湟源县人民政府批准重新开放，教众恢复了正常的宗教活动。
