小额支付系统的优点系统保持全天24小时连续不间断运行，提供跨行、跨地区代收代付业务的清算服务，可大批量处理一并发出的业务，全国“同城”，一户走天下。
大小额支付系统区别大小额支付系统的业务种类大额支付系统包括汇兑、委托收款划回、托收承付划回、中央银行和国库部门办理的资金汇划、承兑汇票查询等。
小额支付系统业务种类包括
1、 通贷记业务（汇兑、委托收款、划回）
2、 托收承付等
3、 定期贷记业务（代发工资，保险金）
4、 普通借记业务、定期借记业务、定期借记业务（代收水费、电费、煤气费等）
5、 实时贷记业务（跨行通存、实时缴税等）
6、 实时借记业务（跨行通兑、实时缴税等）
7、 清算组织发起的代收付业务、
8、 同城轧差净额清算业务
9、 国库相关业务
10、通兑业务
11、支票圈存业务
12、支票截留业务
13、信息服务业务
大额支付系统只处理贷记支付业务；小额支付系统主要面向消费支付（借贷记）。大小额支付系统的金额起点目前，业务金额起点的原则“大额支付系统不设置金额起点，小额支付系统设置金额上限”。
小额支付系统的单笔金额上限贷记50000元，实时贷记和借记业务不设限制。大小额支付系统的运行控制机制大额支付系统按照国家法定工作日运行。系统将每一个工作日分为日间业务处理时间，清算窗口时间、日终/年终业务处理时间营业准备时间段。受理业务时间：8:30－17:00；
小额支付系统实行7天×24小时连续不间断运行。每日16:00进行日切处理，即前一日16:00至当日16:00为小额支付系统的一个工作日，小额支付系统资金清算时间为大额支付系统的工作时间。
小额支付系统日切后仍可正常接受小额业务，部分小额业务不再纳入当日清算，自动纳入次日第一场轧差清算（遇节假日顺延至节假日后的第一个工作日）。大额支付系统操作人员的管理各信用社必须选派业务水平高，责任心强，诚实可靠的会计人员担任大额支付系统的操作工作，实行定期岗位轮换制度。大额支付系统工作人员由信用社负责审查任职资格，确定人选，县联社备案，在联社清算中心建立大额支付系统工作人员的管理档案。并接受联社统一培训、考核。
大额支付系统操作人员变更时。应填制大额支付系统操作人员变动表。同时提出撤销、建立操作员代码申请，经信用社清算中心审批后，由联社清算中心为调出调入人员撤销、建立大额支付系统代码。
大额支付系统操作人员严格遵循一人一码制原则，对自己的操作代码、密码（个人识别码）应严格保密，不得泄漏给任何人，不得设单一数字或连续数字，不得使用初始密码，应定期更换密码，以防失密。
操作员临时离岗，应退出交易画面。临时顶班人员不得使用原操作人员代码及密码，应重新申请操作员代码。大额支付系统的权限管理各级别授权人的权责划分通过计算机系统强制实行。往帐发送业务：50万－300万由会计主管授权，300万（含）以上由联社清算中心授权。各级授权人不得越级授权。
为加强资金头寸管理，各信用社发生100万元（含）以上的汇划业务时应由本社会计主管实时电话通知联社清算中心。小额支付系统业务处理方式是：业务实时传输、发出待转过渡、批量组包发送、接收自动挂帐、回执确认发送、实时轧差处理、定时日切对帐、批量净额清算、24小时运行。
业务实时传输：指小额支付业务处理信息由柜员录入、复核完成后系统实时传输。
批量组包发送：指系统根据确定的笔数、金额、时间由系统自动对待发送小额支付业务进行组包发送处理。
接收自动记帐：指接收的贷记来帐及借记支付业务回执、收费业务、清算汇差等均由系统自动记帐完成。
回执确认发送：指对接收的借记支付业务均由录入员扣款确认后，复核员复核后发送。
实时轧差处进：指小额支付业务在通过净借记限额检查后逐包实时进行轧差处理。
定时日切对帐：指根据人民银行规定的日切时点，系统自动进行日切处理，日切成功，清算中心与人民银行对帐，进行帐务处理。
批量净额清算：指根据与人民银行对帐结果形成的轧差净额，系统批量自动清算帐务处理。
24小时运行：指小额支付系统实行7*24小时不间断运行的模式。
大小额支付系统操作流程1、 签到，支付系统签到。
2、 录入，根据客户提供的凭证资料进行录入。
3、 复核发送，由复核员根据录入员提交的汇款原始凭证进行复核，复核无误后便可发送。
4、 查询查复业务，主要用来对不确或有疑问的支付交易业务进行核实。查询查复的处理要按照“有疑必查，查必彻底，有查必复，复必详尽，切实处理”的原则办理。
支付系统的收费标准1万元以下 5.5元
1-10万元 10.5元
10－50万元 15.5元
50－100万元 20.5元
100万元以上 万分之零点二加0.5元不超过200元。
