香港干线编号系统，为香港各条干线编配编号，方便市民认别有关干线。
现时干线编号系统（第三代）2003年，香港运输署发表《香港方向指示标志综合检讨研究》报告，表示沿用了接近30年的第二代干线编号系统，只按道路建成次序而编配，令驾驶者难以分辨，亦使道路没有系统地编排。所以第三代干线编号系统正式被编配，令驾驶者能够更方便使用干线。这个系统于2004年2月1日正式开始使用至今。
新系统把9条干线分开3个类别：南北向、东西向及环回。
南北向干线 1、2及3号干线，其编号次序是按所穿过的海底隧道的启用日期先后而编订。（依次序为：红隧、东隧、西隧） 东西向干线 4、5、6(预留)、7、8及10号干线，是按其地理位置由南至北编号。 环回干线 把原有的1、2号干线位于新界的部份，加上5号干线，重组成为一条环回新界的干线，9号干线。 第三代干线编号系统如下：
1号干线：香港仔↔沙田2号干线：鲗鱼涌↔马料水3号干线：西营盘↔元朗4号干线：柴湾↔坚尼地城（计划延至香港仔）5号干线：牛头角↔荃湾6号干线：西九龙↔将军澳（计划中）7号干线：葵涌↔ 将军澳8号干线：赤鱲角↔ 沙田 （部分路段兴建中）9号干线：以城门隧道作起点逆时针环回新界10号干线：深圳蛇口↔ 蓝地（计划延至大屿山）
历代干线编号系统在第三代之前，香港曾有两代干线编号系统，分别于1968年及1974年开始使用第一代干线编号系统于1968年发表的《香港长远道路研究》报告中，刊载了第一代干线编号的使用。连接各个策略性发展区的主要干路，使用了一位数字作编号。而将策略性发展区内的地方连接的区域干线，则使用了两位数字作编号。
（＊ 道路存在，但现已搁置干线编号；＃ 干线已搁置兴建）
1号干线： 香港仔 ↔粉岭11号干线＊：观塘↔荔枝角12号干线＃：旺角↔昂船洲14号干线＊：彩虹↔ 蒲岗村 2号干线：九龙城↔上水21号干线＊： 漆咸道南 22号干线＊：广东道23号干线＊：弥敦道3号干线： 九龙城 ↔鲤鱼门31号干线＊： 马头围道 4号干线：蝴蝶谷↔ 观塘 41号干线： 观塘 ↔ 将军澳 42号干线＊： 彩虹 ↔清水湾5号干线： 葵涌 ↔ 沙田 6号干线：青山公路葵涌至荃湾段 7号干线：铜锣湾↔ 香港仔 71号干线＊： 薄扶林道 8号干线： 铜锣湾 ↔ 柴湾 81号干线＃： 柴湾 ↔ 香港仔
第二代干线编号系统 (1974年至2004年1月31日)第二代干线编号于1974年开始使用，共有9条已建成的干线及2条建议中干线。第二代的编号大致沿用第一代的编号，主要的不同在于将部份相接的干线编号合并，例如新的2号干线是由之前的2号及3号干线合并而成，并废除区域干线编号。值得留意的是，第二代的3号干线至今仍“维持原判”。
1号干线：香港仔 ↔落马洲（47.3公里）(首20.4公里为今1号干线，其余为今9号干线火炭至新田段) 2号干线：牛头角 ↔新田（54.4公里）(首17.8公里为今5号干线，其余为今9号干线柴湾角至新田段) 3号干线：西营盘 ↔凹头（27.4公里）(今3号干线) 4号干线：葵涌 ↔ 将军澳 （17.6公里）(今7号干线) 5号干线：荃湾 ↔ 沙田 （9.5公里）(今9号干线城门谷至火炭段) 6号干线：鲗鱼涌 ↔ 马料水 （18.8公里）(今2号干线) 7号干线：铜锣湾 ↔ 香港仔 （13.5公里，坚尼地城至香港仔路段未建成）(今4号干线湾仔至坚尼地城段) 8号干线：铜锣湾 ↔ 柴湾 （9.6公里）(今4号干线东区走廊段) 9号干线：赤鱲角 ↔ 沙田 （33.2公里，青衣至沙田段未建成）(今8号干线) 10号干线：西营盘 ↔后海湾（计划中，29.5公里） 11号干线：西九龙 ↔ 将军澳 （计划中，约14公里）(今计划中6号干线) 9号干线长沙湾至沙田段，前称16号干线。