操纵子是细菌中与同一种生化功能有关的几个基因(如控制色氨酸合成的有关基因)在基因组内聚成一簇而紧密连锁，并受一个基因调控。操纵子只在细菌中发现。在真核生物基因组内很少发现，真核生物的结构基因一般是单独调控的，但真核生物中也有称为超基因的结构。超基因(super gene)是指作用于一种性状或作用于一系列相关性状的几个紧密连锁的基因。
人类基因组的超基因如血红蛋白基因簇，位于16号染色体，跨度约30 kb，由编码血红蛋白的类。—珠蛋白(o—likeglobin)的基因聚集成簇。位于2号染色体上跨度约60 kb给血红蛋白的类卢—珠蛋白(卢—like globin)编码的基因也聚集成簇。在个体发育的不同时期，基因簇中的不同基因进行表达。详细情况将在第六章发育遗传学中阐述。在类。—珠蛋白基因簇中有3个假基因ψζ、ψα和ψα，类β—珠蛋白基因簇中也有一个假基因ψβ。
一个祖先基因经过重复(duplication)和变异而产生的一组基因，组成了一个基因家族(genefamily)。基因家族中的各个成员可以聚集成簇也可以分散在不同染色体上，或者两种情况兼而有之。结构基因家族中各个成员通常具有相关的甚至相同的功能。
一个共同的祖先基因通过各种各样的变异，产生了结构大致相同但功能却不尽相似的一大批基因。这一大批基因分属于不同的基因家族，但可以总称为一个基因超家族(superfamily)。
功能相同或相关的许多基因聚集成簇，就形成一个基因簇。基因簇可以是由基因重复而产生的两个相邻的相关基因，也可以是由许多个甚至上百个相同的基因首尾衔接的串联排列，如rRNA基因和组蛋白基因。基因簇中也可以有假基因。在成簇的基因家族中通过染色体重排而分散到其他位置上的成员，被称为孤独基因(orphan gene)。