因清初有五侯葬该村，坟墓较大，故原名坟头。又传，清末韩姓来该地安家，因东南有一山包似龙头，称龙头山；北部一山包似虎头，名虎头山。中有小河，为避免龙虎相斗，就建村于河旁，名分水头村，后谐音为坟头村。1979年因村名不雅，村东正建怀北火车站，更名怀北庄。1983年设村民委员会，驻地怀北庄村。
现中科院研究生院在怀北庄村开工建设。