总统伊犁等处将军，清朝乾隆帝平定准部和回部之乱后设立的新疆地区最高军政长官。驻伊犁惠远城（今霍城东南） 。简称伊犁将军 。
1759年以兆惠为将军的清军完全控制了新疆地区，1762年清政府设伊犁将军，明瑞就任第一次将军。伊犁将军之下，设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等职，分驻天山南北各地，管理本地军政事务。北路设伊犁参赞大臣一员，领队大臣五员，塔城参赞大臣一员，办事兼领队大臣一员。南路设喀什噶尔参赞大臣一员，管理叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、乌什、阿克苏、库车、和阗（今和田）、喀喇沙尔（今焉耆）、吐鲁番等城办事大臣或邻队大臣。东路设乌鲁木齐都统，管理古城（今奇台）、巴里坤、哈密、库尔喀喇乌苏（今乌苏） 等城办事大臣或领队大臣。（乾隆末年结构）
1763年，在伊犁河北岸兴建了一座城市，将这座城市命名为惠远，作为伊犁将军的驻地。 从此，惠远城成为新疆地区的首府。又陆续修建了宁远城（今伊宁市）、惠宁城（今伊宁市巴彦岱镇）、塔勒奇城（今霍城县境内）、瞻德城（今霍城县清水河镇）、广仁城（今霍城县芦草沟）、拱宸城（老霍城县城）和熙春城（今伊宁市西城盘子），史称伊犁九城。其中惠远、惠宁二城为满营驻所。伊犁将军驻惠远城，绥定等六城为绿营驻所，总兵驻绥定。宁远为维吾尔族商民聚居之处。
1871年沙俄侵占伊犁后，惠远城遭侵略者拆毁 。1876年清朝派左宗棠率大军进疆，消灭了盘踞在南疆的阿古柏。1881年清军收回伊犁，第二年在惠远旧城北7.5公里处另择新址，重建惠远城，史称新惠远城。1883年新疆正式建省，省府设在迪化（今乌鲁木齐），惠远城逐渐失去了全疆政治中心的地位，伊犁将军主要负责北疆防务。辛亥革命后，伊犁军府建制被取消。
