中子显微镜是继光学显微镜、X-射线和电子显微镜之后的新一代显微镜。
一种中子显微镜，包括由中子源发射的中子束经过长筒状的准直器准直、再经过单色器变成单色中子束后，通过狭缝由波带片将其中子束聚焦在置放在样品台上的待测样品上，待测样品产生的信号经正比计数器变成电流信号输入计算机进行重构处理。与在先技术相比，具有分辨率高，能够测量微细结构。可以广泛应用于工业、农业、生物医学、物理、地球化学和宇宙化学、考古和海洋学等方面的微观结构的观察测量。 目前该显微镜原型在美国国家标准与技术研究院中子研究中心成功进行了演示实验.无论是从成像效果还是操作工序来看,中子显微镜将比光学显微镜、X射线和电子显微镜都更具有优势。
可以预见的是，中子显微镜的烧钱程度要更甚于电子显微镜。