布拉格学派最突出的贡献在于其音位学说以及对语音学和音位学的区分。在这一领域中最具影响力的学者就是特鲁别茨柯依。他最完整和权威的论述都集中表述于1939年出版的《音位学原理》一书中。特鲁别茨柯依沿用索绪尔区分语言和言语的理论，提出语音学属于"言语"，而音位学则属于"语言"。在此基础上，他又逐渐形成了"音位"的观念，以之作为语音系统的抽象单位来与实际发出的声音相区别。音位可以被定义为若干不同功能的总和，而声音当其能够用来区别意义时也可以归为音位。
特鲁别茨柯依在给这些区别性的语音特征进行分类时，提出了三条标准：（1）它们与整个对立系统的关系，（2）对立成分之间的关系，（3）区别力的大小。这些所谓的对立可以被概括为以下内容：
a. 双边对立（bilateral opposition）。如果两个音位所共有的语音特征只属于这两个音位，它们的对立就叫双边对立。换句话说，就是它们共有的特征不同时出现在其它音位中。例如/p/和/b/就共有一个"双边"的特征。
b. 多边对立（multilateral opposition）。这是一种更为松散的关系。例如/a/和/i/仅仅因为都是元音这个特征而彼此相似，它们共有的"元音"这个特性也同时被其他的元音对共同拥有。
c. 均衡对立（proportional opposition）。如果同一项特征同时可以区分若干组音位，这种音位对立就叫做均衡对立。例如，清与浊不仅是/p/和/b/的对立特征，而且也是/t/和/d/, /k/和/g/之间的对立特征。
d. 孤立对立（isolated opposition）。如果两个音位的对立关系是独特的，是其他音位对立中找不到的，这两个音位的关系就是孤立对立。这种对立特征不能被语言中其他音位分享。例如，英语中的/v/和/l/，前者是一个唇齿摩擦浊辅音，后者是一个双边辅音。再如德语中的/t/和/x/，一个齿龈塞音对一个软腭擦音，也是孤立对立。
e. 否定对立（privative opposition）。如果两个音位的对立是一个具有某种特征而另一个不具有这种特征，就叫否定对立。例如，送气的/p/和不送气的/b/的对立，鼻化音/m/和非鼻化音/b/的对立，等等。
f. 分级对立（gradual opposition）。如果两个音位的对立是一个具有不同程度的同一特征，就叫分级对立。例如一种语言的元音系统中有七个元音：
i u
e o
ε [此字母与c反向]
a
/u/和/o/的对立就是分级对立，因为具有同一特征（元音）的音位还有第三个--/[字母与c反向]/。
g. 等价对立（equipollent opposition）。如果两个音位可以在逻辑上看成是等价的，既不是分级对立，又不是否定对立，就叫等价对立。例如英语中的/t/和/p/，/t/和/k/。
h. 中和对立（neutralizableopposition）。如果两个音位在有些位置上是对立的，而在其他位置上失去对立，这就叫中和对立。例如英语中的/p/和/b/出现在/s/之后就失去对立。再如德语中的浊辅音，在词尾位置上就变为清辅音：Rat（劝告）和Rad（轮子），书写形式不同，但发音却完全一样。
i. 永恒对立（constantopposition）。如果对立的音位可以出现在一切可能的位置上而不会取消对立，则称永恒对立。例如，在尼日利亚的努皮（Nupe）语中，一般音位结构是一个辅音跟着一个元音，只有少数例外。/t/与/d/的对立就是永恒对立，在一切辅音位置上都不消失的对立。
特鲁别茨柯依对音位理论的贡献涉及四个方面。首先，他指出了语音的区别性功能并且给出了音位的精确定义；其次，通过区分语音和音位以及文体音位学和音位学，从而定义了音位学研究的范围；再次，通过研究音位的组合关系、聚合关系来解释音位间的互相依赖的关系；最后，他提出一整套用于音位研究的方法论，譬如确立音位的方法和研究音位结合的方法。
