司马祐字永猷。晋汝南文成王司马亮之子，永安中，从惠帝北征。帝迁长安，祐反国。及帝还洛，以征南兵八百人给之，特置四部牙门。永兴初，率众依东海王越，讨刘乔有功，拜扬武将军，以江夏云杜益封，并前二万五千户。越征汲桑，表留祐领兵三千守许昌，加鼓吹、麾旗。越还，祐归国。永嘉末，以寇贼充斥，遂南渡江，元帝命为军谘祭酒。建武初，为镇军将军。太兴末，领左军将军，太宁中，进号卫将军，加散骑常侍。咸和元年，薨，赠侍中、特进。
子恭王统立，以南顿王宗谋反，被废。其后成帝哀亮一门殄绝，诏统复封，累迁秘书监、侍中。薨，追赠光禄勋。子义立，官至散骑常侍。薨，子遵之立。义熙初，梁州刺史刘稚谋反，推遵之为主，事泄，伏诛。弟楷之子莲扶立。宋受禅，国除。