司马祐字永猷。晋汝南文成王司马亮之子,永安中,从惠帝北征。帝迁长安,祐反国。及帝还洛,以征南兵八百人给之,特置四部牙门。永兴初,率众依东海王越,讨刘乔有功,拜扬武将军,以江夏云杜益封,并前二万五千户。越征汲桑,表留祐领兵三千守许昌,加鼓吹、麾旗。越还,祐归国。永嘉末,以寇贼充斥,遂南渡江,元帝命为军谘祭酒。建武初,为镇军将军。太兴末,领左军将军,太宁中,进号卫将军,加散骑常侍。咸和元年,薨,赠侍中、特进。
子恭王统立,以南顿王宗谋反,被废。其后成帝哀亮一门殄绝,诏统复封,累迁秘书监、侍中。薨,追赠光禄勋。子义立,官至散骑常侍。薨,子遵之立。义熙初,梁州刺史刘稚谋反,推遵之为主,事泄,伏诛。弟楷之子莲扶立。宋受禅,国除。