司马宗字延祚。司马亮四子元康中，封南顿县侯，寻进爵为公。讨刘乔有功，进封王，增邑五千，并前万户，为征虏将军。与兄羕俱过江。元帝承制，拜散骑常侍。愍帝之在西都，以宗为平东将军。元帝即位，拜抚军将军，领左将军。明帝践阼，加长水校尉，转左卫将军。与虞胤俱为帝所昵，委以禁旅。
宗与王导、庾亮志趣不同，连结轻侠，以为腹心，导、亮并以为言。帝以宗戚属，每容之。及帝疾笃，宗、胤密谋为乱，亮排闼入，升御床，流涕言之，帝始悟。转为骠骑将军。胤为大宗正。宗遂怨望形于辞色。咸和初，御史中丞钟雅
劾宗谋反，庾亮使右卫将军赵胤收之。宗以兵距战，为胤所杀，贬其族为马氏，徙妻子于晋安，既而原之。