广东教育学院计算机科学系于1999年10月正式成立，2000年开始招收本科生。在办学的几年时间里，计算机科学系积极拓展办学渠道，勇于创新教学模式，不断深化培训项目，积极开展对外交流和推动出国留学，形成了普教与成教共存、本科与专科并举和培养、培训、实习与就业和谐发展的局面。先后与台湾天心软件集团、香港天时软件有限公司、广东省士丹尼多媒体技术有限公司和广州弘域计算机软件有限公司在学院本部和广州大学城分别建立了实习实训基地。现有教工26名，其中专业教师21名，其中副教授8名，高级实验师1名，讲师10名。高级职称占专业教师总数43%。具有硕士学位13名，硕士以上学位教师占专业教师总数62%，客座教授5名。现有全日制学生336名，师生比约为1：15.9。
计算机科学系现有计算机科学与技术和电脑动画艺术设计专业，并与英国爱德思国家职业学历和学术考试机构联合开办了计算机应用技术专业，现设有BTEC计算机应用软件方向、BTEC嵌入式软件开发方向和电子商务3个专业方向。下设计算机科学与技术专业教研室、电脑动画教研室、BTEC教研室、教师信息技术研究中心和系办公室五个职能部门。广东省中小学教师教育技术能力培训项目办公室和广东教育学院BTEC教育中心设在计算机科学系。建有网络实验室、计算机组成原理实验室、接口技术实验室、单片机原理实验室、嵌入式实验、大学生创新实验室、动漫实验室、2个多媒体课室和1个图书资料室，计算机400多台。近5年来，获得省部级科研项目8项，在国内外学术期刊发表论文70余篇，SCI、EI、ISTP收录近10篇，主篇或参编教材5部。 2004至2008届普通全日制本科毕业生的就业率均达100%，BTEC计算机应用技术专业2008年连续两次获得最高评审级别A级。2008年获BTEC全球优秀中心。
计算机科学系是广东省英特尔®未来教育项目、中小学教师能力建设项目和携手助学项目三个项目的执行机构，开展了多期培训者培训、骨干教师培训、学科教师培训和校长领导力培训。英特尔®未来教育项目近年来已经为广东省共计培训中小学校长161名、7万余名学科教师，中小学教师能力建设项目为广东省13万余名中小学教师开展了初级培训、携手助学项目培训了40余名项目骨干教师。多次获得教育部英特尔®未来教育项目总协调机构和中小学教师继续教育工程办公室授予的年度培训鼓励奖、管理质量奖和优秀组织管理奖。
