主要职责根据市政府办公室《印发珠海市交通局职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》（珠府办[2001]150号），市交通局主要职责是：
（一）贯彻执行国家有关交通行业的方针政策和法律法规，拟订全市交通行业发展战略、政策和法规、规章，并监督实施。
（二）拟订全市交通行业发展和建设规划；负责交通建设项目的审（报）批、交（竣）工验收；组织交通重点工程建设的实施和监督管理。
（三）负责交通规费及公路、桥梁、隧道通行费收费站（点）的行业管理，会同有关部门制定交通规费征收和管理办法并组织实施。
（四）对交通运输市场和交通基本建设市场实施监督、管理和调控；监督运输企业经营行为和服务质量；维护交通行业平等竞争秩序；引导交通运输企业优化结构、协调发展。
（五）制定交通的运力投放额度和年度运行调控计划；负责路政、运政管理及其行政执法；负责客货运站场、客货运代理、汽车租赁、搬运装卸、汽车与摩托车维修业、汽车美容护理、营运汽车综合性能检测、经营性停车场（点）等服务行业管理。
（六）负责组织实施交通战备、救灾、抢险等政府指令性物资的运输，做好各种运输协调工作。
（七）负责全市机动车驾驶学校和驾驶员培训及交通职业培训的行业管理工作。
（八）负责交通行业科技信息推广和运用的协调工作；指导、监督交通行业技术标准和规范的实施；负责行业的统计、汇总；指导行业协会的工作；负责协调和组织交通招商引资和对外经济技术交流与合作。
（九）实施行业安全生产管理，负责交通工程的质量监督与管理。
（十）承办市人民政府和上级主管部门交办的其他事项。
内设机构交通局内设办公室、人事监察科、政策法规科、规划建设科、综合运输科、安全技术科、通信民航科等7个职能科室。（一）办公室主要职责：负责文秘、档案、宣传、信息、信访、保密、督办、调查研究、机关安全保卫、接待和后勤管理等事务；负责宣传、机关作风建设、社会治安治理；负责本机关财务管理和内部审计工作；负责交通规费征收和监管工作。（二）人事监察科主要职责：负责党务、纪检监察、体制改革、人事调配、干部监督、机构编制、劳动工资、技术职称聘用、社会保险、离退休人员管理和征兵等工作；负责工会、共青团、妇女和计划生育工作；负责出国（境）证件报批管理；负责精神文明建设和职业培训工作。（三）政策法规科主要职责：拟订全市的交通政策和法规并组织实施；指导行业的法制工作；负责普法和执法听证；负责交通行政复议和执法监督工作；承办交通行政诉讼案件，负责治理公路“三乱”工作及交通稽查工作。（四）规划建设科主要职责：制定全市交通行业发展的中长期规划、建设规划和编制年度计划并组织实施及检查监督；负责交通建设项目的审（报）批、交（竣）工验收；负责交通工程的质量、安全监督与管理；负责交通设计咨询、监理、施工资质咨询登记的审（报）批；负责组织协调交通重点项目的建设。（五）综合运输科主要职责：负责全市公路、水路、铁路、管道、城市公共交通的监督、管理和调控；编制全市客货运输中长期规划和年度运力投放额度计划；负责交通运输运力投放的管理；负责营运车辆、船舶出入境运输项目管理；负责全市公共交通项目、规划运力线网的管理；负责监督、检查行业经营行为、服务质量和全行业统计及经济分析工作；负责上级交办的抢险救灾等指令性任务；负责指导行业协会的工作。
（六）安全技术科
主要职责：负责协调交通行业安全生产工作；负责汽车、摩托车维修业开业、变更业务的核准和经营资质管理；负责船舶维修企业的初审；评定车辆技术等级，管理车辆二级维护和综合性能检测；管理审批机动车驾驶学校，监督驾驶员培训教学质量；指导交通技术改造；会同有关部门监督环境保护法规的贯彻执行。
（七）通信民航科（加挂珠海机场管理委员会办公室牌子）
主要职责：负责修订地方民航业发展规划；负责全市民航业的综合管理和统筹协调与监督工作；负责有关发展地方通用航空服务项目、外地驻珠海民航单位设置、航空运输、航空货运服务等审核工作；负责民航业业务统计；负责推进交通信息网络建设和应用系统开发的组织、协调、推广工作。
交通战备办公室交通战备办公室挂靠交通局，正处级，由交通局局长兼任该办公室主任。主要职责是贯彻执行国家国防交通工作的方针、政策和法律、法规、规章，拟订有关规定和计划并组织实施；指导交通战备系统的国防交通工作，协调处理有关问题；为军事行动和其他紧急任务组织交通保障。
交通运输局直属职能
一、珠海市道路运输管理处受交通局委托，组织征收公路运输管理费；负责道路运政管理；负责跨市和市区内运输车辆的运力投放及线路管理；负责全市客货运输、营业性货运站场、机动车维修、检测、汽车租赁、公路运输服务、搬运装卸、机动车驾校和驾驶员培训等行业管理。二、珠海市水上运输管理处受交通局委托，负责组织征收水路运输管理费；负责水路运政管理；负责跨市、涉外水运企业和船舶、运力投放及航线管理；负责对全市水路客货运输和水路运输服务业以及乡镇船舶修造业实施行业管理。三、珠海市金湾交通管理总站受交通局委托，负责辖区内交通规费征稽；负责辖区内路政、运政管理及行政执法工作；负责金湾区内的道路客货运输、搬运装卸业、车辆维修业、驾驶员培训业、水水客货运输、水路运输服务业以及乡镇船舶修造业等行业管理。四、珠海市交通工程质量监督检测站受交通局委托，负责对公路、水运工程质量进行监督管理、核验和检测；行使交通工程质量监督行政职能；审查承建我市公路、水运工程勘察、设计、施工和监理检测单位的资质，协助做好监理单位和人员的资质考核工作。负责对公路水运工程质量进行监督管理；行使交通工程质量监督职责；宣传贯彻国家、省交通主管部门有关交通建设工程造价管理的方针政策和法律法规；制定交通建设工程造价监督计划，编制造价监督检查报告；负责交通建设工程造价管理工作，审核交通建设工程的投资决算、工程预概算、工程招标标底、竣工结算，为交通主管部门提供决策依据；负责对交通建设项目投资执行情况、工程费用支付情况进行监督检查；负责交通建设项目施工定额管理和造价信息资料管理工作；负责交通建设工程造价纠纷的调解工作，为解决纠纷提供鉴定意见。五、珠海市交通信息中心受交通局委托，负责全市交通专业信息网、无线电通信网的规划、建设和管理；负责交通部项目“珠海港加入中国交通运输EDI信息网络工程”的建设和管理；负责交通局电脑局域网的开发、管理和维护；负责全市交通行业信息资源的研发、拓展和应用系统、数据库建设；负责交通公共信息平台的建设、管理和维护；负责全市公路主枢纽信息网、水运信息和交通陆（水）路稽查信息网以及遇险通信、特殊通信、战备通信、交通陆上急救安全指挥中心通信和其他重大社会活动等应变通信的组建、管理和服务工作；负责全市港口专业信息系统、船舶引航调度通信系统的建设、管理和维护；负责管理全市交通行业无线电频率、电话呼号，协助处理无线电干扰事项。六、广东省珠海水上交通检查宣传和贯彻执行国家、省有关水路运输（含水路运输服务）、航道管理的法律、法规和规章；负责对运输船舶的经营活动、水路运输经营资格和运输市场秩序的监督和检查。检查船舶营业运输证及经营范围、运输（含水路运输服务）单证等；检查船舶航道养护费、水路运输管理费交纳情况；对欠、漏缴水路运输管理费、航道养护费的当事人进行补征及处罚；依法查处违反水路运输管理、航道行政管理的违法行为；参与组织水上交通安全检查，承办国家、省政府临时交办的其他事项；法律、法规和规章规定的其他交通行政检查工作
