考证玛雅蓝对于美国科学家认为染料中含有靛青植物叶中的提炼物的观点，北京大学历史系林被甸教授表示认同，他说，靛蓝这种植物在美洲比较普遍，玛雅人用它来提取蓝色是很正常的。而对于蓝色染料中另一种物质坡缕石，中国染料工业协会秘书长田利明认为，之所以含有这种成分，有可能是将它作为一种助剂来使用，起到增加色彩牢度、抗氧化的作用。而相关的资料显示，坡缕石可作为染料的悬浮剂填料，具有不掉色、着色力强、耐擦洗、色彩鲜艳、生产成本低等优点，还可作纺织行业的涂布刮浆。这也印证了田利明的观点。
至于两种物质是如何制成玛雅蓝的，多年从事染料研究的大连理工大学精细化工系赵德丰教授认为，受当时生产力水平的限制，这两种物质很可能不是有机地结合在一起，而是简单地混合在一起，作为染料使用。蓝色的主要来源是靛蓝草，而黏土则有可能是通过烧制来取无机染料，然后和在靛蓝草中提取的蓝色混在一起。
原因玛雅蓝能够长久保持稳定鲜艳，美国科学家认为，有可能是一种叫做“柯巴脂”的物质，在融合靛青提炼物和黏土矿物中起到了关键性作用，使得玛雅蓝比其它自然颜料更为鲜艳持久。但田利明和赵德丰都认为，与阳光和空气隔绝，是色彩得以保持的最主要原因。赵德丰说，染料褪色，90%以上都是由于阳光照射后发生氧化反应造成的。如果壁画是位于阳光照不到的位置，色彩就能够比较好的保存。而在圣井的池底发现的蓝色泥层，是因为水隔绝了空气和阳光，使色彩无法发生氧化反应，因此得以比较好的保全。
