昭通分局机关位于滇东北昭通市中心城市昭阳区城区。局机关现设6科1室，1个咨询中心。下辖10个基本水文站（其中4个国家级重要水文站，6个省级重点站），53个雨量委托观测站，12个水质监测站。现分局基地占地2.96亩, 建设中的新基地占地28亩。现有在职职工62人，其中高级工程师2人，工程师10人。75%以上的职工具有大专以上学历。 昭通水文起始于1939年，金沙江岸边的蒙姑水位站和巧家县裤脚村的巧家水文站由中央水工实验所建成，1948年所建侧站均停测。
1951年，新中国成立后的昭通第一个水文站——旧圃水文站在昭通市昭鲁大河旧圃镇建成。到1961年，全市主要河流水文站基本建成。从50年代到80年代的30多年时间里，昭通水文经历了体制多次上收下放的坎坷历程，但广大水文职工仍能克服重重困难，坚守岗位，保证了昭通水文资料的连续性。
党的十一届三中全会后，昭通分局积极投入改革大潮之中，逐步开展了以对外科技咨询服务为主的第二、三产业探索和拓展。1989年的“水文为您服务座谈会”拉开了昭通水文改革的序幕，经过20多年的努力，在各方面均取得了突破性的发展，跃上了新的台阶，在硬件建设显著增强的同时，完成了《昭通地区水文特性研究》等多项获省市嘉奖的研究成果。2007年，率先撰写出版了云南省首部水文志《昭通水文志》。即将竣工投资3700万元的分局新基地，为全面推进昭通水文事业奠定坚实的硬件基础。
目前，昭通分局已拥有一支作风过硬、专业知识精、创新能力强，能够承担各项水文任务的专业技术队伍。
