坐落于长乐市南山之阳，三清宝殿之右。明永乐十年(1412)建，郑和第四次奉使西洋前夕，船队在太平港候风时，为酬谢前三次率领舟师下西洋“海神天妃保佑”，往返平安，奏请朝廷恩准在长乐南山圣寿宝塔之东建造，作为船队官校旗军祈报酬谢处所。清乾隆二十六年(1761)，知县贺世骏以水神面山非宜为由，移迁西关外画眉台，建“天后宫”以祀神，南山“天妃行宫”改建为“吴航书院”。书院毁于抗日战争，仅存基址。1984年10月在“天妃行宫”遗址上建造郑和史迹陈列馆，发现原“天妃行宫”柱础石二尊，每尊高30厘米，宽43厘米，雕琢精致。