叶明亮 研究员 博士生导师 中科院大连化学物理研究所 生物技术部
叶明亮，2001年8月在中科院大连化学物理研究所获博士学位，并获中科院院长特别奖。2001年年底赴美国华盛顿大学化学系从事博士后研究，主要进行生物分子的高灵敏度荧光检测与高效分离方面的研究，2003年初来到美国系统生物研究所从事高通量蛋白质组学方面的研究。2004年年底回到中国科学院大连化学物理研究所并入选中科院 “百人计划”。现在中科院大连化学物理研究所生物技术部工作，主要从事高通量蛋白质组学新技术的研究。叶明亮博士自1996年以来，先后从事毛细管电色谱新技术新方法、蛋白质与肽在毛细管电泳中的高灵敏度荧光检测以及蛋白质组学新技术新方法等方面的研究工作，发展了多项具有国际先进水平新技术和新方法。目前，已在SCI刊物上发表论文70余篇，相关工作被他人引用400余次。
叶明亮博士主要研究方向为蛋白质组新技术新方法的研究，主要包括：
1）蛋白质质谱分析新技术
发展基于液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)的蛋白质分析、鉴定的新方法；发展基于Q-TOF、Orbitrap等高精度质谱确定多肽序列的De Novo技术；发展蛋白质质谱分析的样品预处理技术。
2）蛋白质组修饰谱分析新方法
发展蛋白质磷酸化分析的新方法，包括磷酸化蛋白质和多肽的富集技术、磷酸肽的通量化分离和鉴定技术；发展蛋白质糖基化等其它后修饰的分析新方法。
3）激酶组学研究新方法
发展研究激酶与底物蛋白质、抑制剂相互作用的新方法，着重发展筛选激酶底物蛋白的通量化方法。
4）生物信息学新方法
发展质谱数据处理方法，提高蛋白质鉴定的可信度和灵敏度；利用磷酸化蛋白质组和激酶组学研究取得的数据建立蛋白质磷酸化网络，揭示激酶与底物蛋白质之间的调控关系。
5）比较蛋白质组学
发展定量、半定量的比较蛋白质组分析技术；发展通量化的疾病标记物的筛选方法。
6）蛋白质和多肽的高分辨率、高通量分离系统
综合利用色谱和电泳技术发展蛋白质和肽的高分辨率、高通量分离系统。
代表性文章 REPRESENTATIVE PUBLICATIONS
1. Xinning Jiang, Guanghui Han, Shun Feng, Xiaogang Jiang, Mingliang Ye*, Xuebiao Yao, Hanfa Zou*, Automatic Validation of Phosphopeptide Identifications by the MS2/MS3Target-Decoy Search Strategy, J. Proteome Res., 2008, 7, 1640-1649
2. Shun Feng, Chensong Pan, Xiaogang Jiang, Songyu Xu, Houjiang Zhou, Mingliang Ye*, Hanfa Zou*，Fe3+ immobilized metal affinity chromatography with silica monolithic capillary column for phosphoproteome analysis, Proteomics, 2007,7,351–360
3. Xinning Jiang, Xiaoli Dong, Mingliang Ye*, Hanfa Zou*, Instance Based Algorithm for Posterior Probability Calculation by Target-Decoy Strategy to Improve Protein Identifications, Anal. Chem., 2008, 80, 9326–9335
4. Guanghui Han, Mingliang Ye*, Xinning Jiang, Rui Chen, Jian Ren, Yu Xue, Fangjun Wang, Chunxia Song, Xuebiao Yao, Hanfa Zou* , Comprehensive and reliable phosphorylation site mapping of individual phosphoproteins by combination of multiple stage mass spectrometric analysis with target-decoy database search. Anal. Chem., 2009, 81,5794-5805
5 Rui Chen, Xinning Jiang, Deguang Sun, Guanghui Han, Fangjun Wang, Mingliang Ye*, Liming Wang, Hanfa Zou*, Glycoproteomics Analysis of Human Liver Tissue by Combination of Multiple Enzyme Digestion and Hydrazide Chemistry, J. Proteome Res., 2009, 8, 651–661
