1951年1月，南京市第四区召开第一次各界人民代表会议，成立各界人民代表会议协商委员会（简称区协商会）。区协商会协助区人民政府贯彻市人民政府的各项政策法令和市、区各界人民代表会议的决议，向人民政府反映人民的意见和要求。1954年，中共建邺区委统战部成立后，撤销区协商会。
1962年1月，成立中国人民政治协商会议江苏省南京市建邺区筹备委员会，协商研究参加单位、名额分配、委员人选的产生原则、方法步骤和会议的有关工作。同年2月，召开区政协一届一次会议，至1965年共召开两届。在此期间，区政协贯彻“长期共存、互相监督”的方针，围绕全区的各项工作和人民群众关心的重要问题，开展协商讨论，提高思想认识，增强统一战线内部团结，贯彻国民经济“调整、巩固、充实、提高”的方针，克服困难，推进社会主义建设。“文化大革命”期间，政协被迫停止活动。
1980年6月，区政协召开二届常委扩大会议，恢复区政协组织机构，统一战线工作逐步扩大。1984年7月，中共建邺区政协党组建立。1989年4月，中共建邺区委转发“区政协党组《关于进一步加强政治协商、民主监督的若干意见》的通知”，加强了中共对政协工作的领导。至2003年共召开9届会议。在新的历史时期，区政协在中共建邺区委的领导和南京市政协的指导下，高举民主和团结两面大旗，积极围绕经济建设中心，团结各民主党派、工商联、人民团体和各界人士，认真贯彻执行“长期共存、互相监督、肝胆相照、荣辱与共”的方针，协助区委和区政府对全区的重点工作开展多层次、多形式、多渠道的协商监督，发挥了人民政协“政治协商、民主监督、参政议政”的职能作用，做出了政协组织应有的贡献。
根据《政协章程》的规定，区政协一至六届，每届任期3年；从七届起，每届任期5年。文化大革命期间，政协被迫停止活动。
区政协历届全会次数：
第一届区政协（1962.01～1965.01）举行3次。
第二届区政协（1965.01～1980.10）举行1次。
第三届区政协（1980.10～1984.06）举行5次。
第四届区政协（1984.06～1987.04）举行4次。
第五届区政协（1987.04～1990.04）举行3次。
第六届区政协（1990.04～1993.02）举行3次。
第七届区政协（1993.02～1998.01）举行5次。
第八届区政协（1998.01～2003.01）举行5次。
第九届区政协（2003.01～2007.12）举行5次
第十届区政协（2008.01～
2007年12月召开政协建邺区第十届委员会第一次全体会议，会议选举杨书礼为主席，桂正荣、刘莅、吴中群、熊宁宁、颜森林为副主席，杨治奇为秘书长及常务委员29名。经十届政协第一次常委会议协商通过，第十届建邺区政协设有：办公室，提案委员会，文史（学习）委员会，经济科技委员会，城市建设与社会法制委员会，教卫文体委员会，民族宗教、港澳侨台和外事委员会。
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