按照《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发2000119号）文件规定，企业合并的所得税处理中，合并企业支付给被合并企业的非股权支付额不超过股权账面价值20%的，经税务部门批准，可以作为免税合并处理，即被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。而且被合并企业以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。
在企业合并实践中，由于被合并企业净资产一般属于一个固定数额，如果不改变净资产数额，合并双方有时很难顺利达到免税改组条件，进而还会影响被合并企业亏损的弥补。
本文介绍调整资本结构实现免税合并的两种方法。
当被合并企业净资产超过合并企业需要支付的股权数额时，可以通过减少股东权益的方法减少被合并企业的净资产，从而降低合并企业的非股权支付额。
举例：A企业被合并前净资产为100万元，其中流动资产（库存商品）20万元，累计可以税前弥补的亏损50万元。B企业打算兼并A企业，预计支付股权80万元给A企业股东。如果按照一般方式合并，B企业还要支付非股权支付额20万元给A企业股东，那么非股权支付额占股权账面价值的比例为25%（20÷80×100%），超过了20%，不符合免税合并的条件。因此，被合并企业A企业应视为按公允价值转让，处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。被合并企业以前年度的亏损50万元也不得结转到合并企业弥补。
如果合并前，A企业将库存商品20万元全部变现处理，同时，按《公司法》规定办理注册减资手续，将20万元股本退回股东。那么，A企业的净资产由100万元减少为80万元。B企业只要支付80万元股本给A企业股东，不再需要支付任何非股权支付额，A、B企业可以顺利实现免税合并。A企业以前年度50万元亏损也可以由合并后的B企业按照税法规定进行税前分担弥补。但是，在这种减资合并中需要注意的是，企业在减少处置固定资产时，按照税务部门的要求，一般应该在合并改组前半年进行。
119号文件同时规定，被合并企业以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。具体按下列公式计算：某一纳税年度可弥补被合并企业亏损的所得额＝合并企业某一纳税年度未弥补亏损前的所得额×（被合并企业净资产公允价值/合并后合并企业全部净资产公允价值）。根据上述规定，当被合并企业净资产为零或少量负数，被合并企业在合并后的企业中无相应净资产，其以前年度亏损不能弥补。这时，可以通过增加股东权益的方法增加被合并企业的净资产，从而实现免税合并进而弥补亏损。
举例：A企业被合并前净资产为0，并有可以弥补的累计亏损50万元。B企业打算兼并A企业，并想用兼并后的企业实现的所得弥补50万元亏损。如果按照一般方式合并，B企业不需要支付给A企业股东包括股权在内的任何支付额，但由于A企业没有净资产，亏损也不能弥补。企业免税合并的目的也就没有达到。
如果合并前，A企业的股东通过与B企业协商，由A企业股东通过融资增加股本投资，再投资60万元用于购买合并后B企业需要的固定资产或流动资产，并将此资产作为资本公积，则A企业的净资产变为60万元了。合并后的企业不但可以利用A企业新购买的固定资产或流动资产用于生产经营，还可以利用A企业60万元净资产实现的相应所得弥补A企业可以弥补的亏损，达到了直接利用亏损的目的，A、B企业还可以考虑增加股本投资多少的数额来控制弥补亏损的多少。当然，企业增资的方式很多，B企业要通过规范的和约或协议的方式，来约束A企业增加股东的股权份额和融资方式以及融资的回报等，按照法定程序和方法增资，实现免税的合并。
