1937年卢沟桥事变爆发后，马本斋响应中国共产党号召，率领弟弟和几十名群众在家乡组织了“回民抗日义勇队”。1939年日寇扫荡华北，马本斋领导的回民支队在河间、青县、沧县地区转战，并在各大清真寺帮助“回民抗战建国会”组织伊斯兰小队，即：伊斯兰抗日分队，开展敌后游击战争。直至抗日战争结束。
1940年，马本斋指挥部队使用围点打援战法取得衡水康庄战争的胜利，又组织精干的小分队巧取深县榆科伪军据点，巩固了队伍。1941年，为了招降马本斋，消灭回民支队，日军血洗东辛庄后抓走了马本斋的母亲。日军对马母威逼利诱，让她写劝降信说服儿子“归顺皇军”，享受“荣华富贵”，但马母坚贞不屈，为了不让敌人利用自己牵制儿子，马母痛骂汉奸，并以绝食的方式进行抗争，最后光荣牺牲。得知母亲牺牲的消息，马本斋强忍悲痛写下“伟大母亲虽死犹生，儿定继承母志，与日本人血战到底！”“宁为玉碎洁无瑕，烽火辉映丹心花。贤母魂归浩气在，岂容日寇践中华！”的壮语。
伊斯兰抗日分队是回族兄弟保卫中国的明证，为日后的民族团结奠定了基础。