基础医学院前身的广西中医基础部，1995年曾更名为基础医学系，2000年12月学院正式命名为基础医学院。
基础医学院下设行政、教学科研、学生工作三个办公室，按中医基础学科和西医基础学科类共设12个教研室以及2个直属实验中新（包括中医实验教学中心、中医实验研究中心）。拥有硕士学位授予点4个（中医基础理论、中医临床基础、医史文献学和中西医结合基础）；院级重点学科3个（中医基础理论、中医临床基础、医史文献学）；院级重点课程3门（中医基础理论、解剖学、微生物与免疫学）；省级精品课程一门（中医基础理论）。
基础医学院在发展历程中涌现有一批国内、区内名老中医。如林沛相、班秀文、秦嘉、家泰教授等。拥有教职工、教师200余人。近年来，又采取外引、内培、以老带新等方式进一步加强师资队伍建设，使师资素质不断提高，结构不断优化。
在教学资源方面，学院拥有基础医学实验室11个（解剖学、组织学与胚胎学、寄生虫学、生物学、生理学、生物化学、微生物学与免疫学、公共卫生学、中医保健美容、中医实验教学中心、中医实验研究中心）。2000年在同类院校中率先建成两个具有国内先进水平的电脑化生理机能实验系统实验室；2001年建成了独具特色的人体生命科学馆和中国医学史展馆。在学院的教学、科研及对外学术交流活动、科普宣传等方面发挥了重要的作用。2002年加强了生物化学教研室分子生物实验室的建设，促进了教学、科研工作的引向深入。另学院各教研室拥有专业参考书籍、出版刊物近五千册，可供网络查阅的各类电子图书数万册。
基础医学院作为主要的教学单位，承担学院各专业层次供38门课程的教学工作。多年来，基础医学院注重教学管理和教学研究工作，不断提高师资队伍的业务素质，促进教师教学方式和应用新的教学手段，切实提高师资队伍和教学质量。目前，大部分课程教学已从单一传统的模式向多媒体教学过度，现在已经完成了多媒体教学的转化。在中医教学发展质量上已经得到了提高。
