利用现今的核酸技术对生物中细胞核或非核区的DNA或RNA进行长度分析，序列比较，从而区分生物的不同种属。
这种方法常用于微生物的分析分离，广泛应用于生物、医学、刑侦等方面。常用的分子鉴定方法有SSCP、DDGE、16SrRNA、DDTE等。