调运检疫是指植物及其产品在调出原产地之前，运输途中、到达新的种植或使用地点之后，根据国家或地方政府颁布的植物检疫法规，由专门的植物检疫机构，对应检疫的植物及其产品所采取的检疫和严格检疫工作处理措施，调运检疫是国内检疫工作的核心，也是防止危害性病虫随植物及其产品在国内人为传播的关键。
调运检疫的分类：
根据调运植物及其产品的方向，调运检疫分调出检疫和调入检疫，调出调运检疫
程序包括报检、检验、检疫处理和签发证书四个环节。
调运植物及其产品的单位和个人，在货物调运前道当地植物检疫结构指定的检疫机构报检，要填写报检单。调入单位有检疫要求的，还要提交，调入地植物检疫机构签发的植物检疫证书。对受检的植物及其产品，除依法可直接签发检疫证书外，都得经过现场检查或者室内检查。发现植物检疫对象或者其他应检病虫的，调运单位或个人，应按《检疫处理通知单》的要求作检疫处理，经复查合格后放行。植物检疫机构应从受理调运检疫申请之日起，于15日内实行检疫并核发检疫单证。情况特殊的，经省级主管部门批准，可延长15日。凡是属于应检物品范围内的植物及其产品，必须在取得植物检疫证书后方可调运。从外地调入的植物及其产品，由调入地植物检疫机构验证或复检。
根据国务院《植物检疫条例》，农业和林业主管部门分别负责本行业植物检疫工作。
林业主管部门负责珍稀花卉、名贵花卉、水果（干果）的检疫工作。
农业行政主管部门负责除林业主管部门检疫以外的其他植物及植物产品的检疫工作。