概况为适应新兴能源产业发展的需要，北京大学工学院2009年成立了清洁能源研究院，致力于清洁能源的研究和开发。北京大学清洁能源研究院隶属于北京大学工学院。北京大学清洁能源研究院院长为北京大学工学院副院长张东晓教授。
目前，主要研究领域为：
碳捕集与封存（Carbon Capture & Storage，简称CCS）研究；
生物能源与生物技术；
环境微生物生态;
微生物基因工程育种;
废水/废物的生物处理及有效利用;
生物质能的生物转化;
石油及能源开采研究;
水资源研究;
二氧化碳处理相关研究等。
学术带头人张东晓
目前任职：
北京大学工学院副院长
能源与资源工程系系主任
北京大学清洁能源研究院院长
<<水资源研究>>、<<石油工程师杂志>> (分别为这两个行业最权威杂志)等五种杂志副主编
教育经历：
1994/01～1995/02 美国Arizona大学 水文学 博士后
1993/01～1993/12 美国Arizona大学 水文学 博士
1991/08～1992/12 美国Arizona大学 水文学 硕士
1990/07～1991/07 美国Arizona大学 地质工程 硕士研究生
1988/08～1989/07 东北大学 岩石力学 硕士研究生
1984/08～1988/07 东北大学 采矿工程 学士
背景资料：
历任美国俄克拉荷马大学石油和地质工程系米勒讲席教授, 南京大学客座教授、长江学者讲座教授, 美国著名拉萨拉莫斯(Los Alamos)国家实验室高级研究员。著有专著两本, 发表学术论文一百余篇。1990年秋赴美国亚利桑那大学留学, 从师于世界著名的水文专家纽曼院士, 分别于1992 和1993获水资源系硕士和博士学位。具有丰富的科研及科研管理经验，曾获超过一千万美元的科研经费，组织和领导了多项水资源, 能源资源和全球变暖方面的跨学科，跨行业的研究。
主要学术任职、研究工作简历
2006～ 北京大学工学院副院长, 能源与资源工程系特聘教授与系主任
2005～ 中国科学院海外评审专家
2003～ 南京大学地球科学系兼职教授, 长江学者讲座教授(2005, 水文学及水资源)
2004～2007 美国俄克拉荷马大学石油与地质工程系,米勒讲席教授
1996～2004 美国Los Alamos国家实验室, 高级研究科学家与研究课题组长
1995～1996 美国DBSA公司, 高级水力学家 主要从事多相流研究
2001～ 美国地球物理联合会《水资源研究》(《Water Resources Research》)副主编
2002～ 美国石油工程师杂志《S. P. E. Journal》副主编
2003～ 美国土壤科学学会《非饱和带杂志》副主编
2004～ Elsevier出版社《Advances in Water Resources》副主编
2005～ 美国工业与应用数学学会《Multiscale Modeling and Simulation》副主编
研究与合作1、中美碳捕集与封存国际研讨会
2009年11月11日上午8时，“2009伯克利-斯坦福-北京•中美碳捕集与封存国际研讨会”在北大博雅国际会议中心拉开帷幕。来自中美两国的科学家将展开为期两天的热烈讨论，旨在提高碳捕集与封存（Carbon Capture & Storage，简称CCS）方面的知识与信息的双边交流以及中美双方研究人员之间合作项目的合作，从而促进中美双方在碳捕集与存储方面的发展。
在全球气候变暖问题日趋严峻的情况下,必须采取积极有效措施。碳捕获和碳埋存技术
(Carbon Capture and Storage,简称CCS)在应对这一挑战中扮演着非常重要的角色。目前,这一技术在全球还没有大范围的规模化应用,但是不少国家已开始为其推广和应用创造鼓励性政策环境。我国作为煤炭大国和能源消费大国,也在积极鼓励和推动相关研发工作的开展,以期尽快掌握这一关键技术,实现化石燃料尤其是煤炭的脱碳利用。此次研讨会正是在这样的背景下举行的。
此次研讨会由美国劳伦斯伯克利国家实验室（Lawrence Berkeley National Laboratory，简称LBNL）、加州大学伯克利分校、斯坦福大学与北京大学联合举办，由卓智基金（Philomathia Foundation）、斯坦福全球气候与能源项目（Stanford’s Global Climate and Energy Program，简称GCEP）及北京大学工学院和北大清洁能源研究院共同资助。
2、“中美生物能源与生物技术研讨会”在北大举行
2009年10月24日，由北京大学工学院、北京大学清洁能源研究院、美国德州农工大学和华中科技大学联合举办的“中美生物能源与生物技术研讨会（China-US Symposium on Bioenergy and Biotechnology）”在中关新园7号楼205会议室举行。与会的美方代表包括美国达特茅斯学院杰出教授、Mascomas 公司总裁和首席科学家 Lee R. Lynd 博士，美国科学院院士、能源部和密歇根大学联合植物实验室主任、植物生物学会前主席Michael F. Thomashow博士，美国能源部劳伦斯国家重点实验室高级科学家、能源部联合基因组研究所生物基因组学研究室主任Nikos Kyrpides 博士，美国德州农工大学助理教授袁戎华博士，美国乔治亚大学杰出教授 Michael WW Adams博士，华盛顿州立大学陈树林教授；中方代表有中国科学院教授、“973”项目首席科学家陈洪章博士，华中农业大学长江学者特聘教授彭良才博士，广西大学生命科学院院长冯家勋教授，山东大学生命科学院院长曲音波教授，江苏大学生物能源中心主任孙建中教授和北京大学工学院汤岳琴教授。
3、2009年11月16日下午，美国能源部部长、1997年诺贝尔物理学奖得主朱棣文（Steven Chu）访问北京大学。朱棣文先生讲话结束后，北京大学的师生分别进行了有关北大能源问题研究、新能源开发技术、能源对国际关系的影响和学生活动介绍的展示。工学院副院长、北大清洁能源研究院院长张东晓首先对北大的清洁能源研究成果及发展趋势作了总体性回顾，并深入介绍了碳捕获与封存技术。
4、2009年11月12日，美国伯克利劳伦斯国家实验室（Lawrence Berkeley National Laboratory，简称LBNL）地球科学部主任Don Depaolo与中国北京大学工学院院长陈十一教授共同签署了关于“致力于开发安全有效的碳捕集与封存技术”的谅解备忘录。北大工学院、清洁能源研究院与伯克利劳伦斯实验室的合作将包括共同进行“碳捕集与封存的测试”、“确定最佳封存场所的研究”、“发展封存场所的数据模型”等。
发展定位“北京大学清洁能源研究院”将组织相关团队，从事清洁能源研究、开发和应用新型节能技术，合理开发和高效利用有限的资源，尽可能地清洁和利用能源，控制污染、并将废弃物资源化，保持能源、资源与环境三者之间的协调。