1944年10月和1945年1月与2月，英国海军曾经在科孚海峡北部扫雷。该海峡构成阿尔巴尼亚与希腊之间的边界线，其最窄部分完全在两国的领海中。扫雷活动没有发现水雷，该海峡被宣布是安全的。
1946年5月14日，两艘航行通过科孚海峡的英国巡洋舰遭到来自阿尔巴尼亚海岸的炮火轰击。英国政府立即向阿政府提出抗议，声称其船只有海峡的无害通过权。阿尔巴尼亚政府明确回复：外国船只通过其领海必须事先通知并取得阿尔巴尼亚政府的许可。为了试探阿尔巴尼亚的态度，1946年10月22日，一支由两艘巡洋舰和两艘驱逐舰组成的英国舰队由南向北驶入属于阿尔巴尼亚领水的科孚海峡北部；其中两艘驱逐舰触水雷爆炸，造成舰只严重损坏，死伤82人的重大损失。事件发生后，英国政府通知阿尔巴尼亚政府，它准备再次到有关水域扫雷；遭到阿尔巴尼亚政府的强烈反对。11月12日和13日，英国舰队到科孚海峡阿尔巴尼亚领水内扫雷，发现22枚德国制式水雷。
英国认为，阿尔巴尼亚应对其舰只和人员的伤亡承担责任，将事件提交到了联合国安理会。安理会以阿尔巴尼亚接受会员国在相同场合义务为条件，邀请当时还不是联合国会员国的阿尔巴尼亚参加对该事件的讨论，阿尔巴尼亚政府接受了邀请。1947年4月9日，安理会通过决议，建议有关国家应立即根据《国际法院规约》的规定将争端提交国际法院解决。
1947年5月22日，英国以请求书单方向国际法院起诉。英国指出法院管辖权的依据是《联合国宪章》的若干条款，其中主要是规定会员国应接受与执行安理会决议的第25条。
1947年7月2日，阿尔巴尼亚政府致信国际法院。它首先对英国的单方请求提出强烈抗议，指责英国的行为违背了安理会的建议，因后者要求应“根据法院规约”将争端提交法院；而根据法院规约，只有在争端双方都接受了法院强制管辖权时，一国才能单方向法院起诉；由于不存在对阿尔巴尼亚有拘束力的条约要求将争端提交法院，因而，只有双方的特别协议才能建立法院的管辖权。然而，在信的结尾，阿尔巴尼亚表示，尽管英国的起诉方式不正当，阿尔巴尼亚政府还是接受法院的管辖权，准备出庭应诉；同时，它强调，它在本案中接受法院管辖权绝不构成未来的先例。
鉴于阿尔巴尼亚的信宣布接受法院管辖权，法院于7月31日确定了书面审理阶段的时间。然而，在12月1日，阿尔巴尼亚政府以不可接受为由，对法院管辖权提出初步反对意见。
法院在本案中共作出三个判决。
在1948年3月25日的第一个判决中，法院以15票对1票驳回了阿尔巴尼亚政府对法院管辖权的初步反对意见，决定继续对案情实质进行审理。法院认为，阿尔巴尼亚政府1947年7月2日的信具有决定作用，构成对法院管辖权自愿的、无可争议的接受。法院指出，虽然是争端当事国的同意赋予法院管辖权，但《法院规约》与《法院议事规则》却未对这种同意的表达规定任何特别形式。以单方请求书方式起诉并不限于法院的强制管辖权领域。英国政府在提交请求书时就给了阿尔巴尼亚政府一个接受法院管辖权的机会，而阿尔巴尼亚政府在其信中已表示接受管辖。法院强调，没有任何规则可以阻止争端当事国以分别的、先后的行动，而不是以通知特别协议的方式接受法院的管辖权。
在法院的第一个判决作出后，英国、阿尔巴尼亚立即签订特别协议，请法院就以下两个问题进行裁决：（一）按照国际法，阿尔巴尼亚对于1946年10月22日在其领水内发生的爆炸和因此而引起的损失是否负责？是否负有赔偿义务？（二）按照国际法，英国海军10月22日和11月12日、13日的行为是否侵犯了阿尔巴尼亚主权？是否负有赔偿义务？
1949年4月9日，法院发布第二个判决，围绕英国、阿尔巴尼亚特别协议提交的问题，就案件的实质进行了裁决。
关于第一个问题，法院以11票对5票确认阿尔巴尼亚应对爆炸事件负责任。法院首先肯定，引起爆炸事件的水雷位于英国海军11月12日与13日扫雷发现的雷区，它们是新近布设的。然而，法院拒绝了英国提出的雷区为阿尔巴尼亚所布设，或在阿尔巴尼亚政府的请求或默许下由某外国舰只所布设的指控。法院认为此等指控与事实不符，或没有证据证明，而对一国此等严重行为的指控要求证据的确定性。法院结论，雷区为任何人所布设尚属未知数。那么。阿尔巴尼亚政府对爆炸承担责任的法律根据何在？
英国政府提出，不论雷区为谁所布设，他们不可能在阿尔巴尼亚政府所不知晓的情况下所为。法院提出，一国控制其领土的事实本身并不必然意味着该国知晓在其领土内发生的任何不法行为。这种控制既不能确立初步的责任，亦不能转移举证的责任。然而另一方面，一国行使的排他领土控制权影响着可用来证明这种知晓的举证方法，由于这种控制，受害国常难于提供可直接证明领土国责任的事实。因此必须允许诉诸有关的事实和间接的证据；当这种间接证据以一系列相互联系的事实为依据，并可逻辑地导致惟一的结论时，应承认其特殊的举证分量。
以上述关于间接政局的论述为依据，法院审查了相互关联的两类事实：爆炸事件发生前后阿尔巴尼亚政府的行为和态度；从阿尔巴尼亚海岸观察到布雷活动的可能性。法院结论，布雷活动不可能在阿尔巴尼亚政府不知晓的情况下进行。法院认为，这种知晓无可争议的导致了阿尔巴尼亚政府的义务，即它有义务为一般航行的利益通知其领水内存在雷区，警告英国舰队其面临的危险。这种义务产生于若干一般的普遍承认的原则：即人道主义的考虑；海上交通自由原则；一国不得允许其领土被用于损害他国权利的行为。事实上，阿尔巴尼亚政府有充足的时间去警告英国舰队，但它却为试图采取任何措施阻止灾难事件的发生，由此，法院确认，“这种严重的不作为导致了阿尔巴尼亚的国际责任”，阿尔巴尼亚政府因此对英国负有
赔偿义务。
法院接着审查了特别协议中提交的第二个问题。法院没有接受阿尔巴尼亚提出的英国军舰未竟其事先许可就通过其领水是对其主权的侵犯的指控。法院认为，根据公认的且符合国际惯例的原则，一国有权在平时，在不经过沿岸国事先许可的情况下，派军舰通过位于公海两部分之间的用于国际航行的海峡，只要这种通行是无害的；除非条约另有规定，沿岸国不得禁止这种通行。这对阿尔巴尼亚提出的科孚海峡不属于存在通行权的国际交通要道，仅为当地国家交通使用，不是两个公海之间的唯一航道等论点，法院指出，这些标准是无关重要的，具有决定性意义的该海峡连接公海的两部分的地理位置；而且该地区的航行相当频繁，并不限于当地国家使用。
法院判定，科孚海峡应视为属于无害通过在平时不得被沿岸国禁止的国际航道。法院以拒绝料阿尔巴尼亚政府提出的英国舰队的通过不是无害通过的指控。法院认为，虽然英舰的通过是要实试探阿纳尔巴尼亚政府的态度，即旨在肯定一项被不合理否定的权利，但只要它以符合国际法,以无害通过原则的方式进行,其合法性就是无可非议的.由此法院以14票对2票判定,英国军舰10月22日通过海峡的行为没有侵犯阿尔巴尼亚
的主权.
对于11月12日和13日英国海军在阿尔巴尼亚领海内的扫雷行动,法院16名法官一致判定,构成了对阿尔巴尼亚主权的侵犯.法院指出,该行动不能以行使无害通过权来证明其正当性,国际法也不允许外国军舰不经一国同意而在其领海内收集证据。法院驳斥了英国政府的下列辩解：这不是一般的扫雷活动，其目的在于调查此前的爆炸事件，收集证据，以便帮助国际法庭。法院指出，在外国领土上收集证据是干预理论的新适用，它不能接受。它只能把这种所谓的干涉权视为武力政策的显示，这种做法在过去曾导致许多严重滥用武力的行为，在国际法上是不能找到地位。英国的行为尤其不应允许，因为它只利用于强国，并往往干扰国际司法。法院以驳回了英国提出的其行动为自保或自卫措施的辩解。法院指出，在独立国家之间，尊重领土主权是国际关系最重要的基础。
1949年12月15日，国际法院作出了对本案的第三个判决，判定了阿尔巴尼亚应付给英国的赔偿数额。阿尔巴尼亚政府没有执行国际法院的这一判决。
评述
科孚海峡案是联合国国际法院成立后判决的第一个案件。本案涉及广泛的国际法问题，包括，法院的管辖权问题：构成法院管辖权根据的国家同意的形式，联合国安理会根据宪章36条3款所作决议对法院强制管辖权的效果，诉讼过程中当事方的同意等；国家的国际责任：作为或不作为的非法行为、国家对发生在其境内的非法行为的责任，原则、限度、适当注意、追诉非法行为人的义务、客观责任与基于过失的责任等；证据：举证责任、直接与间接证据、推定；领土主权：尊重领土主权原则、外国军舰的无害通过权、用于国际航行的海峡；赔偿问题等。法院判决的某些方面在国际法上产生重大影响。
法院的管辖权是本案首先解决的一重要问题。法院在初步裁决中阐明了法院诉讼管辖权的一重要原则，即虽然争端当事国的同意是确立法院管辖权的必要条件，但国际法上不存在关于这种同意的任何强制表达形式。更具体而言，以单方请求书方式起诉并不限于法院的强制管辖权；在争端当事国双方事前既没有对等的接受法院强制管辖权的声明，双方之间亦不存在包括接受法院管辖权条款的事先协议的场合，没有任何规则可以阻止当事国以分别的、先后的行动，而不是以签订并通知特别协议的方式接受法院的管辖权。
国家对其领土上发生的侵害外国权益的行为的国际责任问题是本案判决的一中心问题。法院首先阐明一重要原则：不能仅仅因为一国对其领土的排他控制权利的事实就推定该国一定知晓在其领土内发生的任何国际不法行为，并为这种行为承担责任。另一方面，法院以指出，领土国负有适当注意，采取必要措施，防止其领土被适用于侵害外国利益的义务，包括如追诉不法行为人的义务，告知外国其正在面临的危险的义务，即作为的义务。此时，严重的不作为必然导致领土国的国际责任。此外，追究一国对其境内发生的国际不法行为的证据问题也是法院判决涉及的问题。法院认为，排他的领土控制权在事实上往往使遭受不法行为损害的外国无法提出证明领土过负有责任的直接证明，在这种情况下，外国应该被允许更自由的利用有关的事实和间接的证据。法院就是运用这种方法来确认阿尔巴尼亚的国际责任的。法院这种不仅仅依靠所谓“间接证据”来确定国家责任的做法在国际法上是否能站住脚，招致颇多的非议。
外国军舰在用于国际航行的领海海峡的无害通过权问题是本案判决的另一焦点问题。法院对此的回答是肯定的，并曾导致众多的批评。本判决后，对这个问题的争论一直存在。1982年《联合国海洋法公约》以妥协的方式对这种海峡规定了两种航行制度：过境通行权与无害通过权，似乎为有关的争论划了一个句号。
法院判决具重要意义的另一个问题时，重申了国际法的一项基本原则——尊重领土主权原则。法院明确指出，在独立国家之间，尊重领土主权是国际关系最重要的基础。而所谓行使无害通过权、收集证据、自卫或自保等借口都不能洗刷一国侵犯他国领土主权的行为的非法性。
