东晋隆安三年(399年)十月至元兴元年(402年)三月，孙恩领导浙东人民反抗东晋王朝的农民起义战争。
淝水之战后，东晋外部威胁暂时消除，孝武帝满足偏安局面，摄政的会稽王司马道子专权，政刑谬乱，朝中党派林立，互相倾轧，朝政腐败，不断爆发流血斗争。浙东地区赋役苛重。新安太守五斗米道教主孙泰，企图利用传道聚众反抗东晋朝廷，被司马道子诱杀。其侄孙恩逃入海岛翁州(今浙江舟山群岛)，聚众百余人，伺机复仇。隆安三年十月，孙恩乘朝廷强征“乐属”(晋廷征调浙东诸郡免奴为客者以充兵役)，引起浙东社会骚乱之机，登陆攻克上虞(今属浙江)，袭会稽(治山阴，今浙江绍兴)；十一月，俘杀会稽内史王凝之，自称征东将军。一时会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳，新安等八郡(今江苏、浙江境)纷起响应，旬日之间，义军发展至数十万。晋廷急命卫将军谢琰、辅国将军刘牢之率领北府军前往镇压，义军兵败，于十二月退回海岛。四年(400年)五月，孙恩从浃口(今浙江镇海东南甬江河口)登陆，攻克余姚(今属浙江)、上虞，进而进攻邢浦(今浙江绍兴东)、会稽，转攻临海，与晋军激战。十一月，晋宁朔将军高雅之大败，孙恩军追击至山阴。东晋朝廷大震，再命刘牢之统率北府兵、都督浙东五郡兵对义军反扑。孙恩为避其锋芒，再退入海岛。五年二月，孙恩复以水军袭句章(今浙江宁波南鄞江南岸)不克；复还海岛。三月，孙恩北趋海盐(今属浙江)，败于刘牢之部将刘裕；五月，转而攻占沪渎(今上海吴淞江)乘胜沿长江西进。六月，抵京口(今江苏镇江)，逼近建康(今南京)。东晋朝廷急调江北诸郡官军及在浙东的刘牢之所部北府兵入卫京师。孙恩畏惧，暂弃进攻建康计划，一面派兵袭占江北重镇广陵(今江苏扬州西北)，一面由孙恩亲率主力浮海北上，攻占郁洲(今江苏连云港市东云台山，当时隔江在海中)，生擒高雅之。八月，义军与刘裕所部晋军激战，孙恩又失利，损伤惨重，被迫沿海南撤，第四次撤回海岛。元兴元年(402年)三月，义军在进攻临海作战中，严重受挫，孙恩遂丧失信心，投水自尽，家人、部下跟随投水者百余人。余众数干人推举其妹夫卢循为首领，继续坚持抗晋斗争(参见卢循起义)。
点评：孙恩起义是中国农民战争中首次使用水军作战，义军数次威胁东晋京师建康，动摇了东晋的统治基础。但由于没有建立稳固的后方根据地，作战指导上几次错失有利战机，在晋军的反扑中，义军几次退回海岛，使已取得的战果不能巩固，起义终被东晋镇压下去。
