《两都医案》两卷，明代倪士奇撰。因其上下卷分载的是在北京和南京的治案，分为北卷和南卷，故尔又称“南北医案”。刻于明亡之前。孤本现藏于浙江图书馆。
倪士奇，字复贞，今江苏镇江南徐人。其先祖在宋室南渡时即为京口之名医。宋元明三朝世代承传。倪士奇在《自序》中将自家的医业相继与龙门司马迁家世代执太史业相比堪。其祖父倪龙山曾遇异人传授针灸之术，其父倪小龙行医淮海也誉满当地，之后定居扬州。倪士奇兄三人，兄倪士英、弟倪士彦以医为业。倪士奇自幼习儒，曾游泮宫。但他在十二岁时的一次偶然，竟显示出具有明医悟性的资质。当年，乃父的友人因家中有病人前来延医，倪士奇在父亲外出的情况下，居然询问病情后，断为阳明经证，设大柴胡汤以济急，病家也略通医学，取仲景书阅之契符，遂用药一剂而愈。经此事后，倪士奇有不为良相愿为良医之志。又特到关帝庙求卜也应合。此后以八年时间读《素问》等医经和百家秘典。其父仙逝后便转归京口行医十九年。在天启元年（1582），因治好大司空王公奇的病而被推荐进京，在武英殿任秘书之职十年，于崇祯三年出京南游数处名胜之地，又在南京行医六年，之后又回老家镇江行医著书。
医案在中医学术中具有“宣明往范，昭示来学”的价值。早在《周礼·天官·医师》就记载了凭医案考核医生的医事制度。在《左传》和《史记》等史书中也记有医案。西汉医学家仓公淳于意以其“诊籍”奠基了医案之学。宋代许叔微的《伤寒九十论》是为最早的医案专著。在倪士奇生活的明代，不仅医案著作丰富，而且发展成为独立的医案学。韩懋在《韩氏医通》中提出了“书案六要”的医案格式；吴昆在所著《脉语》中，提出了“八书”的记案规范；张介宾在《景岳全书》中述有《十问歌》，使问诊条理化、歌诀化。医案以其凭据性、理论性、启导性和文学性受到习医、业医、研医、慕医者的喜爱。医者立方，先必立案。有习研者甚至认为“读经不若读案”，倪士奇为儒医，在行医中养成了记案的习惯，他的医学思想和辨证论治的理路，也都凝结在这部《两都医案》之中。这部医案能流传下来，也是中医学术之一幸事。
《两都医案》采有顺叙式的写法，病家的姓名、身份、发病和治疗过程及用方用药记载详明，案主在用方用药之前皆述之以理，诚如《南卷·韩序》所言：“辨证察脉明晰，立法灵清，不事冗杂，单刀直入，尚属可师。”但其治病，绝不止于“按脉议方，按方治病”，而是“尽翻世医之案”，却违而不犯，和而不同，以其有胆有识，突破习见，知机妙用，疲癃可起，夭死可苏。《两都医案》中《南案》三十一则，《北案》四十一则。包括伤寒、杂病、妇科、儿科、外科和针灸。从辨证识方看，案主无门派之囿，也不存在治病在北方有效到南方就失灵的问题。纵观各案，案主重视切脉，脉理精深，脉法卓绝。如《南案》第一案，诊大司空郑公之续弦，十年不育闭经已四月，诸医皆按症瘕或痞证论治，案主诊脉为“左手寸脉数大，右手寸脉细实；左关脉洪大，右关脉雀啄；两尺脉俱旺”，判为“真胎脉也”。郑公笑曰：“十年不生安得有此”，案主则断然曰：“不但是孕，敢保弄璋（男胎）无疑”。遂用养血调气安胎之药，一剂胸膈宽饮食进，二剂胎气动子母俱安。又如《南案》第五案诊左公夫人饮水即吐粒米不咽者，诸医皆云是隔症，技穷莫措，案主凭脉断为恶阻，作胎气治，病愈后果生一女。《北案》之第十七案是张相国如夫人停经六个月发热，被认为是妊娠，案主切脉：“两寸脉浮数，两尺脉沉微，右关浮弱，左关浮芤”，案主据芤脉主积血，况在藏血之肝经，肝为血海。断为此非胎脉，乃《素问·阴阳别论》“二阳之病发心脾，有不得隐曲，女子不月”之证，先行气活血通经，后滋阴养血治之而愈。书中有数案以辨证精确力挽沉疴。如《北案》第七案，何相国芝翁，脾气素弱，偶感风寒且痢，日下三十余次，头腹痛身发热，诸医议论纷纷：如急欲解表而腹病不可缓；欲先利腹而体弱不易下。案主诊脉，见人迎气口皆盛极，认为应先开鬼门，之后去菀陈莝，必须先解外邪，否则风寒传入体虚日伤元气，则导致解之不能下之不敢，非佳候也。遂力主先汗后下。众医闻听，惊疑半之。案主先投葛根羌活柴胡升麻等解肌之品，后用大黄为君，当归白芍为臣的导气汤一剂，滞气尽下而痢止。又如《北案》第二十九案，太学蒋麓亭病，诸家以为是伤寒，治疗罔效，已备好衣棺，延请案主诊治，按六脉尚有根但虚弱，病者角弓反张，搐搦，面垢不言，望而知之非伤寒乃暑风。即令疾者卧地，洞开户牖，先进六一散，以新汲井水和下，再以黄连香薷饮一剂投之而全愈。案中，案主或以对理论的精湛把握而获效，或用方得宜而收功，也有家传秘方和绝技而起死回生者。如《北案》第十四案，是多年复发舌下泡起之病，诸家以犀角地黄汤泻心火为治不效，案主据脉判为命门真火，以《难经》泻南补北之法，滋肾清脾补坎水，坎水上升，离火自降，而愈。又如《北案》第十六案，以羌活柴胡升麻等剂开鬼门，治小儿高热惊厥已十四日者，一剂见愈。《北案》的三十三案，以甘温除热治产后发热，第三十六案以二陈汤治癃闭。案主在《北案》第二十三案以开胃补命门治阳痿，第二十八案提出因气有余便是火，故妊娠下血不宜补气。等等。案主用家传秘方甚多，《北案》第二案有千金化痞膏，治痞证履验。第八案的琥珀丹治痰滞诸痛。第十三案的催生散秘方，治难产使产妇母子平安。用火针治内痈是案主的家传绝技。腹腔内之脓肿，包括肝痈、肠痈等，统称内痈，危重而常致患者死亡。《北案》第三十九、四十、四十一案，即是运用火针治此急危证的案例。其中也显现了古代中医治疗急腹症的智慧。
纵观《两都医案》，可见案主倪士奇的学养和医术，其文笔通明流畅典雅，他的医案简直是一篇篇散文，无需注释，体现了医内功夫和医外功夫，他的友人将他与宋代庞安时相比，其医术精湛绝伦，正如《吴光仪序》中所言：“俦急而缓，俦缓而急，用奇而奇，用平而奇。盖非学术之独优，抑其胆其识有以，大胆人之心焉耳。”案主托于医以自行其志。他以儒医通天地人自况，其医案南北两集共七十二则，应天文之数七十二，合于术数。颇为有趣的是，他把当年在关帝庙求时的签词也记于本案。诗曰：“一纸官书火急催，扁舟速下浪如雷，虽然目下多惊险，保汝平安去复回。”倪士奇认为，他的先人令他学医和传授他火针，都是与先圣“通灵入化”，故以此作为医案之殿。然而从他的经历和展现的学术看，虽非“医术神授”，但也确实具有传奇性，在他成为名医的诸多因素中，家学的承传当是第一位的，其人其术都已经达到相当高的境界了。
