相关癌基因变异这类癌基因参与胃癌的形成，但不具有组织特异性，例如：ras，c-myc，c-met，erb-2，p16, p53等胃癌特异性癌基因变异这类癌基因的变化对胃癌具有较高的组织特异性，在其他肿瘤组织中很少检测到，是胃癌组织外组织（如外周血）检测的主要目标，例如：ERK癌基因和我们最近研究发现的5个胃癌特异性EST片段。相关病因大量研究表明，幽门螺杆菌(Hp)是胃癌发生的重要协同致病因子，对胃粘膜淋巴瘤来讲则是主要的致病因子。研究表明，Hp可通过某些环节造成胃粘膜组织癌基因的突变，细胞信号转导异常等导致胃粘膜细胞发生癌前变化，持续性感染则导致癌的发生.最近我们的研究还发现胃癌的发生与Hp感染的时间和数量呈正相关.所以对Hp的动态检测并配合病理检查，既是预防胃癌的有效方法，也是胃癌基因诊断的主要内容之一。
检测方法基因结构、定性和定量分析PCR技术可以特异性的放大靶基因并可量化分析。最近国内外均有较为成熟的定量PCR技术的报道，并且对PCR的定性分析方面亦有诸多的改进，如ELISA法，反向杂交法、荧光法等.这些方法构成了对靶目标从基因水平上进行定性、定量分析的主体方法，如Hp DNA的定性和量化分析，胃癌高表达或低表达或缺失基因的分析等。基因结构分析的方法如SSCP、RFLP、DNA序列分析等，这对由于基因结构的变化（如点突变或缺失、插入突变）致癌的因素分析非常有意义，如ras、c-myc的点突变等，这种分析粗略的可以用PCR-SSCP和PCR-RFLP等方法完成，准确的突变分析则取决于DNA序列分析.由于DNA序列分析具有耗时、耗财、复杂等缺点，不适合大面积、大标本的选性检测。
最近国外研究机构和公司正致力于发展了快速测序的方法，虽有快速大量测序工作站成功的报道，但均需昂贵的设备，目前急需一种准确性较高，通用性强，且成本低廉的DNA序列分析系统。病理检查胃镜检查时取活检组织染色后观察胃粘膜组织变化的情况，以确定是否是癌变还是癌前病变，如果是癌前病变（如化生、不典型增生、慢性萎缩性胃炎等）则需确定其严重程度，并进行基因结构或基因的定性、定量分析。
病理分析国内外关联研究表明，胃癌是遗传因素和环境因素交互作用的结果，涉及的易感基因较多，包括细胞因子编码基因、解毒酶基因、P450酶基因、癌基因以及DNA损伤修复基因等。白细胞介素-1β(IL-1B)当个体携带风险基因型时，强烈地抑制胃酸分泌作用，使得胃部酸性下降，容易引起胃萎缩，最后诱发胃癌的发生。谷胱甘肽硫转移酶M1(GSTM1)当个体携带风险基因型时，对环境毒素和致癌物质的敏感性提高，易发生DNA突变和染色体畸变，患胃癌的风险因此显著增加。肿瘤坏死因子-α(TNF-α)当个体携带风险基因型时，幽门螺杆菌感染后炎症反应加剧，胃酸分泌受到抑制，促进具有遗传毒性的炎症副产物的聚集而加重胃黏膜的损害及突变的发生率，从而促进胃癌的发生。肿瘤坏死因子-β(TNF-β)当个体携带风险基因型时，幽门螺杆菌感染后炎症反应加剧，胃酸分泌受到抑制，促进具有遗传毒性的炎症副产物的聚集而加重胃黏膜的损害及突变的发生率，从而促进胃癌的发生。、错配修复酶hMLH1 (hMLH1)当个体携带风险基因型时，机体DNA错配修复能力被削弱，胃癌的患病风险增大。5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)当个体携带风险基因型时，5,10-亚甲基四氢叶酸的转化效率降低，从而降低了甲基化供体的水平，影响了DNA甲基化及DNA损伤修复机制，最终使胃癌发生风险上升。
诊断技术目前，肿瘤（实体瘤）的诊断手段除病理学诊断外，主要是物理学诊断和以癌标志物为对象的实验室诊断。病理学检查是对已癌变的细胞进行诊断；物理学检查是对已有明显形态学改变的癌肿进行诊断，而现行的癌标志物诊断的准确性和灵敏性尚难以满足临床要求。因此，寻找诊断早期胃癌的方法仍是临床的重要课题。从肿瘤发生发展的过程来讲，所谓肿瘤的早期诊断应该是细胞由正常转化为异常之前的诊断，细胞一旦发生癌变并呈克隆化生长，此时的诊断不管癌组织的大小，从细胞发育生长的角度看均属晚期诊断。要做到肿瘤的早期诊断，就必需从肿瘤发展的早期阶段。
科学研究胃癌预警系统胃癌预警系统的含义主要指在胃癌发生前通过一系列的检查和数据分析（如实验室检测报告，病因学分析，病理检查，物理检查等），来预报被检查者发生胃癌的可能性，胃癌的严重程度，胃癌疗效及预后分析等。胃癌预警系统的意义胃癌是严重危害健康的主要疾病之一.如果建立效果明显的胃癌预警系统，一方面可以大大的提高胃癌患者的生存率，减少治疗费用，另一方面还可以降低胃癌的发生率，有助于人们战胜胃癌和最终征服胃癌。研究方向做好胃癌的预警工作，关键应从胃癌的病因学诊断和基因诊断入手，尤其是基因诊断方面，重要而紧迫的是确定基因诊断的指标和指标变化的程度，如：何种基因发生何种变化，说明哪些问题.迄今这方面的资料尚不完整，有大量的工作要做.要建立胃癌基因诊断指标的数据库，需要大量的胃癌基因变化的流行病学资料，并通过整理、归纳、分类、分析等处理，找出基因变化与胃癌发生发展不同阶段（癌前病变、癌）的相互关系及其规律。这种相互关系及其规律是可以通过大量调查研究和实验结果获取，这需众多的科技工作者协同攻关。胃癌预警系统建立的条件经大量研究工作现已能提供进行胃癌病因学和基因诊断的部分条件：Hp CagA及尿素酶金标记试剂盒，ELISA试剂盒和Hp定量PCR试剂盒，能通过检测外周血、胃液和唾液提供Hp感染的种类（毒力株或非毒力株），活动性或近期感染还是既往感染（检测IgM或IgG），并可半定量分析病原菌（定量PCR）或其抗体（ELISA，金标）等，这对于病因学分析极为有利。
各种胃癌相关基因的定性、定量、突变分析等检测手段已健全，并有整套试剂盒供应.目前已完成了5种新型胃癌基因的定性、定量分析对实现胃癌组织特异性癌基因的检测非常有用，初步结果证明用5种基因组成的多重PCR其诊断效率达到100%（详细结果另文报道），但尚需进一步验证，100多侯选基因正在研究之中，相信会有特异性好的基因被鉴定。胃癌预警系统的实施用抗Hp和抗Hp-CagA（滴金法）大量筛选人群血中Hp特异性抗体（IgG、IgM）*抗菌及消除其他致癌阻断因子，目的是脱离致癌环境，清除癌化刺激。
重要意义基因水平的分析及评估可以实现肿瘤的早期诊断，由于这种早期诊断可以在细胞癌变前实现，所以对于肿瘤的预防和提前介入细胞癌变过程，并进而防止其向恶性发展极为重要。胃癌的早期诊断应放在基因水平的诊断，这对搞好胃癌的预防和治疗具有重要的临床意义，它能对胃癌的预测、治疗效果分析和制定预防胃癌的有关措施提供依据，对胃癌的综合防治有深远意义。
难点阻碍基因芯片技术虽具有快速、准确、高通量检测基因表达谱的优点，由于芯片制作的工艺复杂，信号检测也需专门的仪器设备，使一般实验室难以承担其高昂的费用，其次芯片实验技术上还有多个环节有待提高，如在探针合成方面，须进一步提高合成效率及芯片集成程度，使样品制备的简单化和标准化以利于普及。基因芯片的技术急需标准化，缺乏一种公认的实验方法，难以实现数据共享；采用PCR方法扩增模板时难免带来PCR所具有的局限；信号检测的灵敏度与杂交反应的特异性和重复性也有待提高。随着基因芯片的不断深入和技术的更加完善，它将在胃癌的研究中发挥更大的作用。
