1966年，北京大学地质地理系学生在门头沟区斋堂镇东胡
林村西发现村民无意中挖出的三具尸骨，后经中科院古脊椎与古人类研究所认定，人骨出自新石器时代早期（距今约1万年）墓葬，这是最早被发掘出的“东胡林人”尸骨。这三具尸骨后来下落不明。1999年，北京大学考古文博学院与北京市文物研究所联合组成了东胡林考古发掘队。2001年7月，东胡林考古发掘队对东胡林遗址进行了第一次发掘，出土了一批重要石器、陶器、骨器等遗物，还发现“东胡林人”的烧火遗迹多处。2003年9到10月间，考古发掘队对遗址进行了第二次发掘，10月19日在发掘区的东部发掘出一具完整的“东胡林人”尸骨。