西北民族研究所是西北民族学院最早设立的一个专业研究机构，其前身是西北教育研究室，后扩改为西北民族学院研究所，并于1984年秋正式成立为西北民族研究所。研究所自成立至今，在藏学、蒙古学（重点为西蒙古学）、回族伊斯兰教、《格萨尔》学、民族文献学、民族教育以及甘青地区独有民族——东乡族、裕回族、保安族等研究领域里取得了丰硕的成果。如著名的伊斯兰教研究专家马通研究员、罗万寿教授；《格萨尔学研究泰斗王沂暖教授、王兴先研究员；蒙古学专家郝苏民教授；藏学专家唐景福教授以及车得驷、高自厚、朱解琳研究员等学术名家都曾在西北民族研究所任职或挥洒过辛勤耕耘的汗水，都在各自的研究领域里独树一帜，出版学术专著20余部，学术论文400余篇，其中《伊斯兰百科全书》荣获国家社会科学大奖。西北民族研究所现有人员16人，其中科研人员12人，包括2名研究员、3名副研究员、3名助理研究员、4名实习研究员。现设有藏学研究室、蒙古学研究室、回族伊斯兰教研究室、民族教育研究室、西北民族文献研究中心等4个研究室、一个中心。