按照安徽省卫生厅、财政厅、民政厅皖卫农【2009】94号文件规定，自2010年1月1日起，新型农村合作医疗补偿实施方案规定如下：
一、住院补偿
（一） 起付线和补偿比例
在取得省内卫生行政部门认定的新农合定点资格并与新农合经办机构签订协议的乡镇卫生院、县级医院、县外医院住院的可报费用的起付线及分段补偿比例见下表：
乡级卫生院（或一级医院）
县级医院（或二级医院）
县外医院
（原则上指三级医院）
最低起付线
100元
300元
500元
起付线以上
至300元
35%
至700元
35%
至1000元
35%
300元以上
70%
700元以上
65%
1千至1万元
55%
1万元以上
65%
注：“国家基本药物”费用的补偿比例比《新农合药品目录》内的药品费用的补偿比例再提高8个百分点
上表说明：
1.多次住院，分次计算起付线，起付线以下费用个人自付。对重点优抚对象、五保户、 低保对象不设起付线。
2.参合农民在县外（省内）非协议的定点医疗机构住院，上表中的补偿比例下调5个百分点；在省内非定点或被暂停、停止、取消定点资格的医疗机构住院的医药费用原则上不予补偿。
（二）大病保底补偿
费用段
5万元以下部分
5~10万元段
10万元以上部分
保底补偿比例
30%
40%
50%
（三）住院补偿封顶线（参合患者当年住院获得补偿的累计最高限额）提高到8万元。
（四）住院分娩补助（补偿）
参合产妇住院分娩（含手术产）定额补助300元。分娩合并症、并发症，其可补偿费用的1万元的部分按30%的给予补偿，1万元以上的部分按同级医院疾病住院补偿比例执行，但不再享受定额补助。
二、注意事项
(一)有责任的各种意外伤害（如：交通肇事导致的他伤和自伤、刀枪伤、搏斗伤、在工厂（场）或工地作业时负伤等等），新农合基金不应给予补偿。对无法判定有无责任的意外伤害，其住院医药费用回县级新农合机构报销。
（二）既参加新农合又参加了商业保险的农民住院可以凭住院医药费用发票和医院费用清单的复印件及保险公司结报单据等材料到新农合管理机构按规定办理补偿，补偿待遇与未参加商业医疗保险的参合农民同等对待。对目前同时参加两种由政府举办的医疗保险的农民工和在校学生，可享受两次补偿。但第二次补偿在新农合部门办理时，仅对第一次补偿后的余额进行审核和结算。
（三）参合农民在县级以上定点医疗机构住院前3日内的门诊检查费用以及住院期间到上级医院所做的与病情相关的门诊检查费用，如符合基金支付范围，可纳入当次住院医药费用一并计算。
（四）鼓励家长为预期在参合年度出生的孩子提前缴纳参合资金，孩子在参合年度的医药费用补偿政策同前文。筹资时未出生且未随父母一起参合的新生儿在母亲住院分娩期间患病的医疗费用，计入其母亲当次住院分娩费用，比照“分娩并发症”的比例补偿；但其母亲分娩出院后，该婴儿再次住院的医药费用不予补偿。
（五）由于各地区新型农村合作医疗政策差别，具体报销与以上规定可能存在差异，请向当地合作医疗管理机构咨询。
