食品许可司的主要职责是：承担保健食品、化妆品、消费环节食品卫生许可管理工作；拟订保健食品、化妆品、消费环节食品卫生许可的有关规范并监督实施；拟订保健食品标准和技术规范并监督实施；拟订化妆品卫生标准和技术规范并监督实施；承担保健食品、化妆品新原料使用、国产特殊用途化妆品生产和化妆品首次进口等的审批工作；承担保健食品、化妆品检验检测机构资格认定和监督管理;承办局交办的其他事项。