前凉建兴十五年（327）戊己校尉赵贞谋叛，张骏击擒之，在其地置高昌郡及高昌、田地等县。十六国时期，高昌郡先后隶属前凉、前秦、后凉、西凉、北凉五国。北凉承平十八年（460），柔然攻高昌，灭沮渠氏，立阚伯周为高昌王。郡废。唐贞观十四年（640），高昌为唐所灭，置高昌县。