研究所的主要任务是：应用现代科学技术和手段，对我国药用植物资源进行保护、研究、开发和利用。在国家中药现代化和产业化项目中，承担着中草药种质资源保存、珍稀濒危物种保护、中药材规范化种植（GAP）的制定与实施、中药材标准对照品的研究、中药资源普查等重大科研任务。
拥有药用植物亲缘学创始人、“中草药的活字典”肖培根院士，天麻之父徐锦堂教授，西洋参之王刘铁成教授、砂仁阿普（砂仁公公）周庆年教授和肉豆蔻专家陈伟平教授等国内外知名专家以及一大批高水平的中药科研人才和一枝朝气蓬勃的青年科研骨干队伍。
在药用植物研究所发展的20余年里，该所几代研究人员为人类的健康，不断地在药用植物资源开发、利用与保护研究领域进行着不懈的探索，秉承着这样的一个研究方向，使药用植物研究所科研水平不断提高，科研能力不断增强。在国际药用植物研究领域具有很高的学术地位和广泛的影响。
在近年的改革与发展中，新一代药植所人承前启后、创新开拓，各项科学研究工作快速发展。除药用植物资源研究与保护具有较高国际影响外，药用植物栽培研究、天然药物化学研究、药理毒理研究，生物技术研究等领域已处于国内领先水平。先后承担国家重点研究课题300余项，发表论文2500余篇，主编专著100余部（卷），已鉴定科研成果90余项，获国家及省部级科研成果奖70余项。“十五”期间，研究所共承担国家课题197项，2005年到位研究经费4000余万元，并建立了一批国际、国家级中药研发基地：
● 世界卫生组织传统医学研究合作中心（1986年）；
● 国家中医药管理局“中药资源利用与保护”重点实验室（1996年）；
● 国家药用植物种质资源库（2005年）；
● 国家中药标准品中心 （2001年）；
● 国家教育部：“中药资源工程中心” （2006年）；
● 国家教育部“中草药物质基础与资源利用”重点实验室（2004年）；
● 国家中医药管理局“中药资源保护”和“中药资源化学”三级实验室（2003）；
● 北京市生药学重点学科（2002年）；
研究所积极加强国际交流与合作，开展国内外博士后合作研究工作，先后有30名研究人员到美国、英国、韩国、香港等地培训、学习或合作研究 ；96名研究人员派往国（海）外参加学术交流或国际会议。接收英国、日本、韩国、印度、尼泊尔等研究人员进修、培训12人。作为世界卫生组织传统医学研究合作中心，接待交流与互访团300余批，参观、学术交流1000余人；与英国、波兰、日本、法国、秘鲁等50余个国家开展国际合作与交流 。
