中国医学科学院药用植物研究所海南分所位于海南省万宁市兴隆华侨农场太阳河畔，隶属卫生部中国医学科学院药用植物研究所。创建于1960年，其前身为中国医学科学院药物研究所海南实验站，1983年组建中国医学科学院药用植物资源开发研究所海南分所。海南分所是海南省唯一专业从事南药的资源保护、引种栽培和开发利用研究的中央级单位。
经过几代人的努力，海南分所已搭建起了南药研究的良好平台。目前建有
海南省南药资源保护与开发重点实验室，下设有南药栽培资源、南药生物技术、南药化学等实验室，配置了数百万元先进的仪器设备。保存南药种质资源达1598份的南药园是全国在地保存南药种质资源最多的植物园之一，已成为国内外南药种质基因保存研究的重要平台。依托已建设完成的南药科学馆，实现了南药研究产业化与南药园参观旅游的有机结合。落户于所内的南药科技110服务站是连接科技人员与南药栽培生产的桥梁。经过全面改造，海南分所科研楼、南药园、南药科学馆呈现出了崭新的面貌和勃勃生机。
建站建所以来，海南分所承担了多项国家科研任务，春砂仁引种推广、白豆蔻引种栽培研究、丁香的引种栽培研究、槟榔虫害防治技术研究等获得十余项国家和省、部或院级科研成果奖励，为全国和海南省南药发展做出了贡献。
党和国家领导人万里、李鹏、方毅、谷牧等均先后到海南分所视察和指导工作。同时分所积极开展对外交流工作，台湾、香港、韩国、日本等地区和国家的药物研究团体多次访问分所，建立了相应的交流渠道。
海南分所现有全职和客座研究人员50名，其中具有高级职称的研究人员12名。近年来，随着海南分所科研队伍建设与南药事业的发展，又有一大批中青年科研人员充实进南药科研队伍。一支以中青年为主的研究力量已经形成。目前承担了多项国家及省部级南药课题研究。如国家“十一五”科技支撑计划重点项目“肉豆蔻规范化生产与综合利用技术研究”、“广藿香青枯病抗病性鉴定方法的建立及抗病种质的筛选”；国家“十五”科技攻关专项“道地药材益智与濒危药材降香种质资源及其评价研究”；国家中医药局级课题“海南黎族药用民族植物学研究”；国家中医药管理局科技专项及国家中药材扶持项目“桔梗、荆芥、柴胡等多种药材的品种选育研究”；中央级公益型科研院所基本科研业务专项 “槟榔种质评价及病虫害防治研究”、“降香快繁及心材形成机理研究”、“海南高含量青蒿种质评价及良种选育、“青蒿素生物合成分子机制”等的研究。海南分所的研究工作正呈现出蓬勃发展的势头。
以南药资源保护与开发、南药引种栽培和南药生物技术研究为研究重点，海南分所的主要研究定位是：针对进口与国产南药资源保护与开发利用的现状，开展南药生产、开发利用中突出关键技术问题的应用基础研究和产业开发研究，为南药现代化科技产业基地提供有力的技术支撑，为带动地方经济发展和南药资源可持续利用提供技术保障。
