建庙缘起据说在1894年，香港发生瘟疫，瘟疫迅速蔓延，有人归咎于妖魔鬼怪作祟，区内客籍居民遂建议前赴广东惠阳迎接三太子神像来深水埗区驱邪镇妖。供奉神像出巡后，该区的瘟疫便告停止；因此，当地居民于1898年筹建三太子庙以作纪念。庙内仍存放一些清末的历史文物，如钟和鼓等。
其他相关三太子
三太子即哪吒。在《封神演义》中，哪吒为陈塘总兵李靖的三子。他的师父在他死后收其魂魄，用莲花化身，并赐他风火飞轮及长矛下山辅助武王伐纣，降妖除魔。其后，玉帝封他为三十六天将第一总领使，永镇天门。
北帝
北帝相传是三千年前商朝的一名王子。他幼时修道，元始天尊得知此事后，邀请他列入仙班。商朝末年，魔王横行天下，荼毒生灵。元始天尊即下令玉帝派遣北帝统领十二天军下凡讨伐魔王。魔王亦派遣大龟大蟒助阵，但终不敌北帝。北帝成功打败魔王，获封为玄天上帝；北帝像脚下的蛇与龟，是邪不能胜正的象征。
北帝诞/三太子诞
北帝诞及三太子诞分别在每年农历三月初三及三月十八日举行。[1][2]