后世往往有人指责他不应当支持爱尔兰叛乱分子抵制英格兰女王伊丽莎白一世的反天主教行动。1572年8月24日巴黎发生圣巴托罗缪之夜惨案，大批胡格诺派教徒被害。事后格列高利在罗马大唱《赞美颂》以示庆祝，此举也受到谴责。
1582年，他在那不勒斯天文学家兼物理学家吉拉迪和日耳曼数学家耶稣会士克拉维的协助下，改正公元前46年所颁行的儒略历的错误而颁行格雷果里历，即目前世界所通用的公历。天主教澳门教区在1576年由其下令成立。
1585年3月23日，来自日本的4位少年使者拜访了教皇格列高利十三世。早在1582年，日本九州的天主教大名大友义镇、大村纯忠、有马晴信决定派遣4名少年出使罗马教廷。一行数人乘坐葡萄牙船从长崎出发，经中国的澳门、印度的考沁港、非洲的好望角，抵达葡萄牙的里斯本，然后进入西班牙、意大利，1585年3月到达目的地罗马，并拜见了教皇格列高利十三世，敬呈了三位大名的书信和礼物。在罗马短暂逗留期间，恰逢教皇逝世，这样，他们又参加了希斯特五世的就任加冕议式。当得到新教皇同意每年斥资援助日本兴办神学院的答复后，少年使节团开始回国。1590年7月终于返回长崎，结束了长达8年的出使，并带回了活字印刷机等大量西方物品。用此印刷机，教会先后在长崎、天草等地开设了印刷所，印制了不少罗马文和日文书籍。