真正给了北魏王朝以致命一击的是北方“六镇兵变”。
先前为防柔然，太武帝拓拔焘在北方边境设了6座军镇，后来陆续增加，但仍沿用六镇之称。
北方六镇是北魏国防的一道生命线，在北魏国家的军事、政治生活中享有重要的地位，因此边镇军官成为国家的显贵，享有较高的特权.
然而，随着孝文帝大力推行汉化政策以及迁都洛阳，北方六镇的作用日渐式微，军镇将领也逐步失去原有的荣耀以及优厚的待遇，以前的天之骄子在短时间内变为时代的弃儿，面临着灭顶之灾。
可以说，北魏迁都洛阳使得六镇的政治、军事意义降低到最低限度，全力拓南，北方便无力顾及。从太和十七年（公元493年）迁都洛阳到孝文帝去世（公元499年）的几年间，由于南征和建设新都，北魏国家的财力己基本上被耗尽。在这种情况下，北魏政权已无力支付北部边镇巨大的经费开支，而北方六镇受限于自然地理条件又做不到经济上自给自足。因此，经过孝文帝迁洛后几年的消耗，北方六镇的经济已经完全空虚，自宣武帝元恪登基（公元500年）后，北部边镇便频频告急，下面仅把从宣武帝朝开始北方边镇的灾变情况列一简表：
表二：边镇灾变简表
时间灾变
公元500年5月北镇大饥，兼遣侍中杨播巡抚赈恤。
公元506年4月诏遣使者巡慰北边酋庶。
公元509年4月诏以武川镇饥，开仓赈恤。
公元512年4月诏饥民就谷六镇。
公元513年2月以六镇大饥，开仓赈恤
与经济状况日益恶化一样，北方六镇的政治地位也一日不如一日。那些随孝文帝南下的同宗同班同僚们依旧享受着荣华富贵的生活，留居北部边镇者则不仅得不到任何好处，反倒被时代所轻，“丰沛旧门，仍防边戍。自非得罪当世，莫肯与之为伍。征镇驱使，但为虞直侯白；一生推迁，不过军主；然其往世房分留居京者得上品通官，在镇者便为清途所隔。”天壤之别，无怪乎会引发北方六镇同洛阳中央政府的紧张关系。由于北部边镇地位日落西山，北方六镇军队成员的组成也今非昔比。军镇设立时，豪强子弟争相从戎入边，而现在则是流刑罪犯的发配地；当时军官的出身
为皇亲国戚、高门世家，而现在则所用非人。广阳王深就此上书肃宗分析说：“自定鼎伊洛，边任益轻，唯底滞凡才，出为镇将，转相模习，专事聚敛。或有诸方奸吏，犯罪配边，为之指纵，过弄官府。政以贿立，莫能自改。”《魏书•京兆王传》也载：“政事怠倦，纲纪不举，州镇守宰，多非其人。”北方六镇政治性的丧失，军事性的降低，经济上的破产，组织结构上的混乱，各种矛盾在魏末时交织在一块，爆发的可能性在逐步增大，可以说是只待东风。正光五年（公元524年）三月，“沃野镇人破六韩拔陵聚众反，杀镇将，号真王元年。”四月，“高平酋长胡琛反，自称高平王，攻镇以应拔陵。”蓄势已久。六镇变乱终于爆发，敲响了北魏王朝的丧钟。下面仅把大规模的变乱列一简表以明之：
表三：六镇变乱简表
时间叛变者地区
公元524年3月破六韩拔陵沃野镇
公元524年4月赫连恩、胡琛高平镇
公元524年6月莫折念生秦州、南秦州
公元525年8月杜洛周上谷
公元526年1月鲜于修礼定州左城
公元526年8月葛荣定州
公元526年9月万俟丑奴秦州（关陇地区）
公元528年6月邢杲青州、北海
公元528年12月韩楼幽州
公元523年，沃野镇（今内蒙古五原北）的匈奴人破六韩拔陵首义起兵。其他各镇兵士纷纷响应。这次兵变通常被解释为底层穷苦士兵的起义，其实是对六镇军士来源的误解。须知北魏六镇及禁军的将卒“往往皆代北部落之苗裔，其初藉之以横行中国者”，是征召于强宗子弟、高门良家，出身鲜卑具有贵族性的职业化军人。北魏以尚武之民族靠军事起家，军事贵族不仅享有各种特权，而且本身就是一种荣耀。但自孝文帝改革尤其是迁都洛阳之后，“以夏变夷”，崇文抑武，使得原本同属统治阶层之人，留居平城的迁到洛阳，接受汉化，继续显贵；而留守边镇的，并未实行汉化，地位已是大不如前。至孝明帝时更彻底丧失了贵族身份，不仅仕途无望，而且沦为永远遭人轻贱的下等府户。此前，洛阳发生的一起羽林军暴乱事件，即因对成为改革的牺牲品不满而群体发难，实际已经是六镇兵变的前奏。六镇兵变从本质上来说其实是对北魏改革中人为造成的社会政治经济地位巨大差距这一不公正现象进行的一次强有力的抗议和反击，而并非是什么受压迫的底层士兵的起义，或是简单的对汉化政策的反动。
面对愈演愈烈的兵变，北魏只好反过来勾结原先设立六镇所要防御的柔然人共同镇压六镇兵士的叛乱。破六韩拔陵战死后，北魏把起义失败的六镇兵士20多万人押送到冀州、定州、瀛州等地安置。但在葛荣率领下，各路起义兵士复合一处，号称百万，声势更大，洛阳为之震动。这时候，被北魏政府安置在秀容（在今山西省）的残余羯族部落的酋长尔朱荣，带领本族8000强悍骑兵，趁葛荣轻敌，设伏山谷，伺机突袭，葛荣兵败被杀。由于篇幅限制，此处不准备详述六镇变乱的过程。大致上说，在公元530年4月万俟丑奴兵败被擒后，六镇变乱暂时告一段落，但北魏政局并没有因此而稳定下来，反而在尔朱氏军阀集团干政之下，走向灭亡之途，在此就北魏的灭亡.
正当六镇变乱声势浩大之时，北魏朝廷内灵太后与孝明帝之间的母子冲突也日趋激烈，武泰元年（公元528年）二月，孝明帝密诏秀容（今山西朔县北）契胡军阀尔朱荣入京勤王，尔朱荣未至洛阳而孝明帝已被灵太后毒杀，结果尔朱荣攻入洛阳拥立孝庄帝（元子攸），诱杀灵太后及朝士百官两千多人，史称“河阴之祸”，此后朝政为尔朱氏所把持。永安三年（公元530年）九月，孝庄帝利用尔朱荣由晋阳入朝参见的时机将其诛杀，不久孝庄帝也被尔朱荣的从子尔朱兆所杀，尔朱氏得以继续把持朝政。但尔朱荣死后，各地纷纷起兵反尔朱氏，如河北渤海豪族高乾、高昂兄弟在河北地区招集乡里部曲，甚至本为尔朱荣心腹的高欢也逐渐不受尔朱氏指挥。公元531年2月，高欢统帅自尔朱氏手中接收的六镇鲜卑余部入信都（河北冀县），联合高乾、封隆之等河北汉族豪强势力，同年六月正式在信都举兵反尔朱氏，次年三月，高欢在邺城附近的韩陵之战中以少胜多，大败尔朱氏，四月，高欢入洛阳，立元修，史称孝武帝，此后朝政便掌握在高欢手中，不久高欢与孝武帝的矛盾日益尖锐，受逼迫的孝武帝于永熙三年（公元534年）七月西奔关中投附宇文泰，十月，高欢迁都邺城，魏分东西。东魏在孝静帝武定八年（公元550年），被高欢次子高洋所篡；西魏在恭帝三年（公元556年），被宇文泰之子宇文觉所篡，北魏名实俱亡。
