遗址位于南京主城区水西门。南唐到宋、元时期，这里称作水西门、下水门，明初重新筑造，曾改称为三山门，但民间一直习称水西门至今。
瓮城，又称月城，古代城池中依附于城门并与城墙连为一体的附属建筑，多呈半圆形，少数呈方形或矩形。敌人攻入瓮城时，将主城门和瓮城门关闭，守军即可对入侵之敌予以围歼。南京明城墙瓮城设于城门内，一反中华瓮城设于主城门外的旧制。在城体上设置了藏兵洞，强化了城门的防御能力。
南京明城墙建造时，水西门与中华门、通济门三座瓮城形制最为壮观，而水西门和通济门的瓮城均为船形，这是南京明城墙的独特之处。因常年雨水冲刷，年久失修，一九五四年七月二十八日下午两点，水西门瓮城第三道瓮城东南角倒塌伤人，一九五五年水西门瓮城惜被拆除。
由南京市博物馆考古挖掘的城墙为东西走向，主要是青石砌筑而成。长约二十米，高约三米，为最外一道瓮城南面一段。暴露出来的墙基上端，几层青砖排列有序，呈圆弧形制，非常奇特。