一九三一年毕业于日本陆军大学校第四十三期，晋升为步兵中尉，因成绩优良，系该期毕业生总分第二名，被选派为出国留学研究生，以驻苏使馆副武官身分，专门从事军事研究，进行对苏作战准备。从一九三三年起，任参谋本部作战课参谋，晋升为步兵大尉，频频出没于中国东北地区，参加对苏、对华作战的阴谋策划活动。一九三九年三月九日，任参谋本部作战课部员，积极参与了诺门坎事件的策划和作战指挥活动，同年九月八日调任关东军司令部作战主任参谋。诺门坎作战后，于十二月一日返回参谋本部继续任作战课部员。一九四一年五月二十日调任中国派遣军第十一军高级参谋，再次入侵中国。
赴任后，于六月上旬参加了“第二次长沙作战”计划的制定，提出作战目的“应为粉碎中国军队的抗战力量，给西部第九战区军队极大打击”，决不只是“占领地方”和“夺取物资”。九月十五日战役开始，岛村从始至终参加了这次作战指挥。二十八日第十一军占领长沙，二十九日其先头部队进入株洲，达到预期作战目的。十月一日黄昏开始撤退。此时，中国军队集中十五个师的兵力于十月十日大举反攻，给第十一军以重创，其第十三师团几乎覆灭，十月二十六日战役结束，第十一军共伤亡七千人。
一九四二年六月一日，岛村应召返回日本国内，任陆军大学校教官兼参谋本部部员。一九四三年八月二日，晋升为陆军大佐，九月二十五日调任大本营参谋兼联合舰队参谋。一九四四年三月四日，又兼任中部太平洋方面舰队参谋，驻在马里亚纳群岛。日本视马里亚纳群岛为“日本命运的最后战略防线”、“太平洋上的防波堤”，驻有航空母舰、战列舰、巡洋舰、驱逐舰共五十六艘，飞机四百五十架，陆海军总兵力五万四千余人。从六月十一日起，美军出动一千八百架飞机、五百余艘舰艇，共十二万七千余人的总兵力，发动马里亚纳海战，这是第二次世界大战史上规模最大的海上大决战。当时，岛村矩康正在塞班岛，从始至终参加了这次海战。七月六日美军占领塞班岛，八月三日占领提尼安岛，八月十一日又占领关岛，至八月中旬，日军驻马里亚纳群岛的陆军第三十一军及中部太平洋舰队全部覆灭。
岛村矩康长期在陆海军高级指挥机关任参谋人员，深知战争内幕，又亲身经历了日本海战史上、也是世界海战史上规模最大、最残酷的一次海战，颇有感触，在大海战开始不久，从六月十九日即开始在军舰上用毛笔陆续写下一份长达五十页的《重建国家方案》，主要观点有：（1）日、德、意三国同盟是死亡的联合，日本应在德、苏开战时退出；（2）大东亚战争已成为消耗战；（3）日军的失利在于被美国的物质力量所压倒。日军败于电子器材（雷达）和航空兵的数量、大型飞机的可靠性、科学技术的劣势，以及生产的机械化和效率；（4）制定国策的第一原则在于所采取的方针政策应经常与国力、形势相适应；（5）昭和时代最可悲的是没有伟大的政治家和优秀的高级军官；（6）历来政治家与军人密切合作，则国家成大业，军人独断则大事难成；（7）战争的结束不是千篇一律的，既然作战得不到辉煌成果，就需要靠非凡的政治力量；（8）德川幕府为了保存自己而禁枪炮，采用一人对一人的武士方式决出胜负，在昭和时代仍因循旧习，轻视武器，以人代弹，这是思想僵化；（9）明治以来的教育制度不完备，导致文武脱离，文则文弱不知武，武则专武而不知治世方略。日俄战争以后，人心涣散，第一次世界大战以后更加严重。虽有政治学，也只是翻译本。在这九条之后，岛村矩康写了“待续”两个字，然而不知什么原因，在马里亚纳海战后的几个月时间里，却没有再续写此文。他声称自己已不指望生还，才在军舰上留下遗言。
一九四五年一月十五日，岛村矩康在中国广东省汕头海面的一次作战中毙命。死后，他的《重建国家方案》被发现，得到许多高级军政官员的认同。
