天祝县卫生局始建于1952年，当时称天祝区卫生科，后来几经与文教、计划生育合并、分设，于1984年9月20日成立卫生局至今。原设办公室、医政股、药政股、防疫妇幼股、法制监督股、执法室、财务内审股等科室。2002年，药政股职能划归药监局管理后撤消药政股，执法室与疾控中心公卫科合并组建了卫生监督所。2003年设立了项目办公室，2004年成立了会计中心。现设办公室、医政股、防疫妇幼股、法制监督股、财务内审股、项目办公室、会计中心等科室室。现有职工27人，其中副科级以上领导干部7人，少数民族干部15人，本科学历7人，大专学历15人，中专学历3人。
全县现有各级各类医疗卫生单位287家。天祝县卫生局下属医疗卫生单位27家，其他部门和单位所属医疗卫生单位8家（县计划生育指导站、甘肃省建材职工医院、窑街矿务局天矿职工医院和天祝一中、新华中学、天祝民中、天师师范4所校医室）；卫生所（室）和个体诊所252家。在卫生行政部门管理的医疗卫生单位中，县直综合医院2家，藏医院、疾病预防控制中心、妇幼保健所、卫生职业技术学校、卫生监督所、藏医药开发研究所各1家，中心卫生院5家，乡镇卫生院（所）14家。
全县共有卫生工作人员1076人，每千人拥有卫生人员4.98人。其中卫生行政部门管理的医疗机构卫生工作人员685人，其中卫生局机关27人，县直医疗卫生单位391人，乡镇卫生院267人。全县共有专业技术人员594人，其中县直医疗卫生单位325人，乡镇卫生院256人。专业技术人员按职称分，副高级职称的25人，中级职称的130人，初级职称的294人。按学历分，本科77人，大专303人，中专239人。
全县医疗机构共有房屋49469平方米,其中县直医疗卫生单位19590平方米,乡镇(中心)卫生院21159平方米,村卫生所(室) 8720平方米。乡镇卫生院房屋中业务用房14626平方米，其中危房面积1653平方米,生活用房5539平方米，其中危房3567平方米。
共有万元以上医疗器械71台(件)，1000-5000元的医疗器械 77台(件)。乡镇卫生院共有万元以上医疗器械33台(件)，1000-5000元医疗器械231台(件)。村卫生所有基本医疗设备器械2777台(件)，每所平均12.7台(件)，主要以血压计、听诊器、紫外线消毒灯、高压消毒锅为主(不含预防接种用器械)。
全县医疗机构共设病床369张，每千人拥有床位 1.71张。其中卫生部门管理的医疗卫生单位设床位297张（县直医疗卫生单位160张，乡镇卫生院137张），其他部门和单位所属医疗卫生单位72张。按照卫生部门管理的医疗机构床位算，每/千人拥有床位1.28张。
