日本新义真言宗之总本山。位于和歌山县那贺郡岩出町，号一乘山大传法院。大治五年（1130）觉鍐在高野山辟建大传法院，并奉敕兼掌金刚峰寺座主，晚年移居根来丰福寺，且殁于该寺。弘安九年（1286）大传法院之赖瑜受金刚峰寺之迫害，遂于正应元年（1288）三月将大传法院移至现址，独立成新义真言宗。此即根来寺之由来。
不久，本寺寺运逐渐隆盛，不但成为新义真言宗的中心，亦由于寺领庄园日益扩增，而产生以‘行人方’（寺院中处理法会杂役的下级僧侣）为中心的武装集团，形成僧兵，世称根来法师、根来寺众。此寺众于战国时代曾组织强大的洋枪队。后来由于织田信长有经略天下之志，而本寺僧众不服，织田信长遂命丰臣秀吉烧毁本寺，时为天正十三年（1585）三月二十九日。
历此灾劫后，全山堂塔几乎化为灰烬，仅存堂舍数间，学侣亦流散四处，时能化专誉避难于大和（奈良县）长谷寺，玄宥居于京都智积院，新义真言宗之法幢便分‘丰山方’与‘智山方’。之后，根来寺得纪州德川家的援助而复兴，在宝历年中（1751～1764）恢复两学头制，又得丰山及智山两方的援助而重建法堂，本寺命脉遂得保存。明治以后，由智山派与丰山派轮流管理。寺内的池泉式蓬莱庭园被指定为‘国名胜’。
