1582年（明朝万历十年）利玛窦应召前往中国传教，8月7日到达澳门，次年获准入居广东肇庆。 明万历13年（1585年），在知府的协助下，利玛窦、罗明坚在西江旁边找到了建造教堂的地方，即是一座九层楼高的崇禧塔旁边那块土地。然而，正准备着手建造教堂时，却引起了本城中的绅士们的反对。原来，他们不同意在塔旁边建造教堂，担心破坏风水，同时也指责利神父破土动工时，没有“看日子”。最后，利玛窦、罗明坚与当地的乡绅们磋商后，在离塔远一点的地方建造教堂。就这样，这场风波平息了。
建造教堂的工程虽然不再受到干扰，但却发现建堂的经费不足了。于是，罗明坚神父只好回澳门向各界要士求助，幸赖葡萄牙商人慷慨解囊。1585年，这栋二层楼的房子终于落成了。利神父便把这栋房子命名为圣童贞院。整栋房屋都是用青砖和石灰建成的，外表简单，但很美观。一楼大厅设祭台，台上供奉救世主像。正门上方悬挂着肇庆知府王泮亲笔题的“仙花寺”匾额，中堂悬挂着他亲笔题的另一块“西来净士”匾额。于是，这座圣童贞院又被称为“仙花寺”，也是中国天主教史上第一座天主教堂。遗憾的是，仙花寺的芳容已毁，其遗址已成为市文物古迹。中国天主教第一间教堂——仙花寺何时能再度出现在世人面前呢？
1597年利玛窦被任命为耶稣会中国教区会长。1610年（万历三十八年）5月11日利玛窦病逝于北京，赐葬于平则门（今阜成门）外二里沟。
2006年9月8日,近百位社会各界人出席位于崇禧塔东侧的仙花寺遗址，为“仙花寺遗址碑”揭幕，以纪念利玛窦。