全程线路新生圩、新港开发区、万寿村、营苑南路、长途东站、省经干院、富贵山、明故宫、光华门、大校场路、夹岗、高铁南京南站、景明佳园、正德学院、佛城西路、将军路、秣陵、禄口新城、禄口机场。
招标工作第三条地铁线意见，第一种是建设跨越长江的三号线（直线），线路为：
江浦林场—大胜关（过江）—南京火车站—城东干道—双龙街—江宁火车站（将来京沪高速铁路南京南站）。第二种意见是建环形的地铁六号线，线路为：南京火车站—建宁路—下关—河西经四路—集庆门—秦淮区—白下区—御道街—明故宫—新庄—南京火车站。
招标的地铁涉及到四条线，二号线东延线、二号线西延线、三号线与六号线西北环线，共长73.6公里。标段分别是：二号线东延线：马群-仙林大学城，长度约9.7公里；二号线西延线：集庆门大街-城西路，长度约19.4公里。三号线：南京南站-林场，长度约30.9公里。
南京地铁6号线
六号线西北环线：南京站以东的塍子村车辆基地-集庆门大街段，长度约13.6公里。
三号线、六号线一起建
相对于即将开通的地铁一号线和几个月后动工的地铁二号线，第三条地铁线路似乎离南京人还有些距离。地铁三号线、地铁六号线哪条先建，先前一直未有定论。一号线建成通车时，有关领导在介绍到这两条线路建设顺序时，曾谈到过三种专家意见：一种倾向先建三号线，三号线是一条过江线，对于江北的发展会起到好的推动作用；另一种倾向先建六号线，六号线是一根环线，对于连接一号线二号线、串连起城区的轨道交通会起到很好的效果；最后一种意见就是两条线路同时建设。最后一种方案胜出。
六号线与三号线将在2008年前同时开工建设。