新疆托木尔峰国家级自然保护区位于新疆维吾尔自治区阿克苏地区温宿县境内，地理坐标为东经79°50ˊ～80°54ˊ，北纬41°40 ˊ～42°04ˊ，属森林生态系统类型自然保护区。保护区东西长105km，南北宽28km，总面积23.76万hm²。新疆托木尔峰自然保护区始建于1980年6月，2003年晋升为国家级自然保护区。
保护区内高等植物382种，隶属60科238属。真菌167种；地衣19种；不完全地衣2种。野生动物主要包括陆栖脊椎动物77种，隶属13目28科73属；昆虫1 000余种。其中国家一级重点保护动物5种，包括雪豹、北山羊、金雕、玉带海雕、胡兀鹫。
保护区从第四纪以来，由于地壳运动和气候变化，曾发生过多次冰期与间冰期，留下了丰富的冰川作用遗迹。较为典型的有木扎尔特河和台兰河的第四纪冰川遗迹。国内外专家对这一地区的冰川研究十分重视，托木尔山岳冰川区，不仅是天山最大的冰川作用中心，而且也是世界上著名的山岳冰川区之一。作为我国少有的高山保护区，其在冰川、自然地理、干旱区野生动植物及其生境都极具科研价值。