2004年5月，华东交通大学与军区签约培养国防生，2006年3月8日，正式成立国防生学院。
根据《国务院、中央军委关于建立依托普通高等教育培养军队干部制度的决定》精神，按照国家教育部、总政治部下达的招生计划，华东交通大学从2005年开始招收南京军区国防生，首批学生200名。
南京军区国防生是指根据部队建设需要，由南京军区依托华东交通大学从参加全国统一招生考试的普通中学应届高中毕业生中招收培养的青年学生。国防生与军队有关单位签订协议后，在校期间享受国防奖学金。国防生完成规定的学业，参加统一组织的军政训练，达到培养目标，取得毕业资格和相应学位后，按协议办理入伍手续并任命为军队干部。
报考条件
参加全国普通高校招生统一考试的普通中学应届高中毕业生；政治合格，志愿献身国防事业，大学毕业后服从分配到军区部队工作；年龄在20周岁以下（1985年8月31日后出生），未婚；身体条件符合军队招收专业技术类学员体检标准。
录取
国防生的录取在提前批次进行，未被录取的考生不影响其它后续批次高校的录取。
考生参加由各省军区统一组织的政审、面试、体检（与军队院校招生同步进行），经考核合格，按高考成绩择优录取。
考生被录取为国防生后，应与南京军区、华东交通大学签订《国防生培养协议书》，否则视为自动放弃录取。