藏巴汗，又作第悉藏巴，藏语称号为“後藏上部之王”，是明代後期西藏地区继帕木竹巴、仁蚌巴之後兴起的世俗贵族政权。
1565年，原本担任仁蚌巴手下官员的辛厦巴才丹多杰起兵造反，先後占据了香、八囊伦珠孜、帕日等宗管辖的地域。一年後，辛厦巴的势力范围几乎囊括了乌思藏地区。他自称为「藏巴加波」（「藏」即今日喀则地区；「加波」是国王的意思）。这也是西藏历史上「藏巴汗政权」的开端，首都在三竹节（今日喀则）。
1613年，辛厦巴的後继者彭措南嘉控制了阿里地区，同时兼并了四周的弱小部落。在宗教信仰上，彭措南嘉崇信藏传佛教噶玛噶举派，曾经两次因为宗教纠纷而出兵攻打信仰主巴噶举派的不丹，给活佛噶玛巴封上「卫藏之主」的印信，但却仇视新兴的格鲁派。1617年，喀尔喀蒙古卫地信仰格鲁派的信徒，曾经组成联军企图攻打藏巴汗。1618年，噶玛巴派万馀人前来救援，打败了由色拉寺僧兵与其他格鲁派势力所组成的联军，占领色拉寺和哲蚌寺，杀死了起事的格鲁派僧人，其馀的格鲁派僧侣只好逃往北方。此年，彭措南嘉自称为後藏上部之王，正式建立政权，史称藏巴汗。1621年，噶玛丹迥旺波继任藏巴汗。
1634年，四世班禅与五世达赖邀请蒙古和硕特部汗王图鲁拜唬（即後来的顾实汗）入藏。1641年，顾实汗发兵攻打藏巴汗，包围了日喀则的藏巴汗府邸。1642年，藏巴汗兵败被俘，不久遇害。顾实汗继续西进，降服了後藏地区，并亲自驻守日喀则，命其长子达延汗驻守拉萨，分兵控制西藏各地，成为实际统治西藏的汗王，被清朝顺治皇帝封为“遵行文义敏慧顾实汗”。