中国武装警察部队警种指挥学院成立于2006年9月5日，是在武警森林指挥学校的基础上与武警黄金、水电学校合并而成的。
其下设黄金、森林、水电和交通4个系,主要担负起警种部队初级指挥员的培养工作。学员毕业以后将分配到黄金、森林、水电、交通部队的基层一线，在全国经济建设主战场上担负起生力军的作用。2006年秋季森林系正常招生，黄金、水电、交通3个系于2008年正式招收新学员。
武警警种部队是一支以地方经济建设为主要任务的特别部队，已成为我国经济建设不可或缺的力量。然而,警种部队的干部生长十分单一，仅黄金、森林、水电三支部队有培养初级指挥员的专业学校，而交通部队则依靠地方力量培养干部，在一定程度上制约了部队人才培养。经国务院、中央军委批准,由森林指挥学校、黄金技术学校、水电指挥学校三所初级院校合并组建的武警警种指挥学院,对推进中国特色军事变革、加强武警部队院校质量建设和人才培养工作具有里程碑意义。