长三角科协合作联盟，是江苏、浙江、上海两省一市科协全方位、宽领域、多层次开展合作交流，加快自身建设，谋求共同发展的新尝试、新成果。根据合作联盟规定，苏浙沪两省一市科协将建立党组书记联席会议制度，每年召开一次，由两省一市科协轮流主办，共同研究制定长三角合作交流、联动发展的规划。同时，建立两省一市联络员制度，互通情况，掌握动态，及时提出需要研究、探讨、解决的问题和重点工作，协调、组织两省一市科协的有关部门、学会、基层科协等，有针对性地开展工作。
此外，合作联盟还着眼长三角经济社会发展中共同关心的问题，寻求突破点，围绕共同搭建资源共享、优势互补、联动发展、互利互惠、可持续发展的服务平台，提出了八项合作内容。具体上说，学术交流，以长三角科技论坛为载体，加强长三角区域科技合作与交流，促进自主创新发展；决策咨询，充分发挥三地学会等学术团体的作用，围绕长三角大交通、城市群、产业发展、环境保护、资源调配、科技创新等展开前瞻性研究；技术服务，加强长三角技术服务网络建设，利用技术服务、技术信息服务、技术决策服务等方面的优势服务长三角、服务全国。同时，推进长三角技术资质互认、人才异地服务等；科学普及，搭建长三角科普资源开发与共享平台，联手打造、共创科普品牌，使长三角成为全国的科普资源中心之一；人才评选，开展长三角科技英才评选，弘扬科学精神，表彰为长三角科技创新、经济建设和社会发展作出突出贡献的科技工作者，营造创新合作和科技人才成长的良好环境。
长三角科协合作联盟在业务上接受中国科协指导，建立在江苏、浙江、上海两省一市科协《发展科技交流与合作协议》的基础之上，是落实科学发展观、好中求快、互惠共赢的举措，更是贯彻落实中央关于进一步解放思想，推进改革开放，充分发挥区域优势，促进长三角实现率先发展、科学发展，增强综合实力、创新能力、可持续发展能力和国际竞争力的要求，为尽快把长三角建设成为创新型区域的具体行动。
